研究内容の概要

目的： 日本人細胞株由来のゲノムデータを用いた遺伝統計解析の実施

方法： ゲノムワイド関連解析の実施（乾癬）

対象： 日本人細胞株由来ゲノム

データID	内容	制限	公開日
hum0114.v1.gwas.v1	乾癬282症例および対照426名のGWAS	非制限公開	2017/12/18

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分子データ


対象	乾癬（ICD10：L400）：282症例（JBIC細胞株）対照：426名（JBIC細胞株）
規模	genome wide SNPs
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HumanCoreExome BeadChip]
ソース	JCRB生物資源バンクの日本人由来Ｂ細胞株（JBIC細胞株の健常人：426 名、及び乾癬患者282名）から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	http://www.jbic.or.jp/enterprise/developer/013.html
調整試薬（キット名、バージョン）	Illumina HumanCoreExome BeadChip kit
遺伝子型決定アルゴリズム（ソフトウェア）	GenCall software（GenomeStudio）
フィルタリング	sample call rate < 0.99, SNP call rate < 0.99, HWE-P < 1x10^-7
マーカー数（QC後）	255,632 SNPs（常染色体、hg19）
NBDC Dataset ID	hum0114.v1.gwas.v1 （データのダウンロードは上記Dataset IDをクリックしてください） Dictionary file
総データ量	6 MB（txt.zip）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

※論文等でデータベースからダウンロードしたデータを含む結果を公表する際には、下記文献を引用いただくか、NBDCヒトデータベースに登録されたデータを利用した旨について謝辞（Acknowledgement）に記載して下さい。記載例はこちら。

研究代表者： 岡田随象

所属機関： 大阪大学大学院医学系研究科遺伝統計学

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
-

	タイトル	DOI	データID
1	Variants at HLA-A, HLA-C, and HLA-DQB1 confer risk of psoriasis vulgaris in Japanese	doi: 10.1016/j.jid.2017.10.001	hum0114.v1.gwas.v1
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