NBDC Research ID: hum0113.v3
研究内容の概要
目的： パーキンソン病（Parkinson’s Disease: PD）のRNAバイオマーカーの同定
方法： Transcriptome sequencing（CAGE-seq）
対象： PD 39症例および神経疾患を持たない（non-PD）対照健常者20名の全血
PARK2 変異を有するPD 2症例およびnon-PD対照健常者3名より樹立したiPS細胞由来神経細胞とiPS細胞由来神経幹細胞（Neuronal stem cell：NSC）のペア
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000119 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2020/04/24 |
| JGAS000142 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2021/07/30 |
| JGAS000318 | NGS（CAGE-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/07/29 |
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分子データ
JGAS000119 / JGAS000142 / JGAS000318
| 対象 |
パーキンソン病（ICD10：G20）39症例および神経疾患を持たない対照健常者20名 PARK2変異を有するパーキンソン病（ICD10：G20）2症例（3検体）および対照健常者3名（3検体）より樹立したiPS細胞由来神経細胞とNSCのペア（6検体） |
| 規模 | CAGE-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 全血、iPS細胞由来神経細胞、および、iPS細胞由来NSCから抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | nAnT-iCAGE プロトコル（PMID: 24927836） |
| 断片化の方法 | - |
| ライブラリ構築方法 |
whole blood, iPS-derived neurons, and iPS-derived NSCs （JGAD000129 and JGAD000211）： Single-end iPS-derived neurons and NSCs （JGA000429）： Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 47-50 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000129：全血 JGAD000211：iPS細胞由来神経細胞＋NSC JGAD000429：iPS細胞由来神経細胞＋NSC |
| 総データ量 |
JGAD000129：35 GB（fastq） JGAD000211：88 GB（fastq） JGAD000429：32 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： ピエロ・カルニンチ
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター ゲノム機能医科学研究部門
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | パーキンソン病の代謝産物バイオマーカー創出およびその分子標的機構に基づく創薬シーズ同定 | JP19gm0710011 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Multi-year whole-blood transcriptome data for the study of onset and progression of Parkinson’s Disease | doi: 10.1038/s41597-019-0022-9 | JGAD000129 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|
