研究内容の概要

目的： パーキンソン病のRNAバイオマーカーの同定

方法： Transcriptome sequencing（CAGE-seq）

対象： パーキンソン病39症例および神経疾患を持たない対照健常者20名の全血、ならびに、PARK2変異を有するパーキンソン病2症例（3検体）および対照健常者3名（3検体）より樹立したiPS細胞由来神経細胞

データID	内容	制限	公開日
JGAS000119	NGS（CAGE-seq）	制限公開（Type I）	2020/04/24
JGAS000142	NGS（CAGE-seq）	制限公開（Type I）	2021/07/30

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分子データ


対象	パーキンソン病（ICD10：G20）39症例および神経疾患を持たない対照健常者20名 PARK2変異を有するパーキンソン病（ICD10：G20）2症例（3検体）および対照健常者3名（3検体）より樹立したiPS細胞由来神経細胞
規模	CAGE-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース	全血から抽出したRNA iPS細胞由来神経細胞から抽出したRNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	nAnT-iCAGE プロトコル（PMID: 24927836）
断片化の方法	-
ライブラリ構築方法	Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	47-50 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000129：全血 JGAD000211：iPS細胞由来神経細胞
総データ量	35 GB（fastq） 88 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： ピエロ・カルニンチ

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センターゲノム機能医科学研究部門

プロジェクト/研究グループ名： -

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST）	パーキンソン病の代謝産物バイオマーカー創出およびその分子標的機構に基づく創薬シーズ同定	JP19gm0710011

	タイトル	DOI	データID
1	Multi-year whole-blood transcriptome data for the study of onset and progression of Parkinson’s Disease	doi: 10.1038/s41597-019-0022-9	JGAD000129
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研究代表者	所属機関	研究題目	利用データID	利用期間