NBDC Research ID: hum0106.v1
研究内容の概要
目的： ヒト大腸がん組織の細胞多様性・階層性解析
方法： RNA-seqによる一細胞解析
対象： 大腸がん3症例由来の3次元培養細胞各1細胞から抽出したRNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000139 | NGS（scRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2022/09/05 |
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分子データ
| 対象 |
3名の大腸がん（ICD10：C18）患者由来3次元培養細胞 ・大腸がん2症例由来の腫瘍組織 （HCT24から2検体、HCT25から3検体） ・大腸がん1症例由来の非腫瘍組織（HCT71） から樹立された培養細胞 |
| 規模 | scRNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 培養細胞各1細胞から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Chromium Single Cell 3' v1 Reagent kit |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 50 bp [Read1(transcript) 50bp, Read2(UMI) 15bp, Index1(CellBarcode) 14bp and Index2 (Sample Index) 8bp] |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000208 |
| 総データ量 | 44 GB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
※当該データは、文部科学省科学研究費新学術領域研究（研究領域提案型）『生命科学系３分野支援活動』に採択された「ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援」（「ゲノム支援」）による支援を受けました。
提供者情報
研究代表者： 八尾 良司
所 属 機 関： がん研究会・がん研究所・細胞生物部
プロジェクト/研究グループ名： オルガノイドプロジェクト
URL： https://www.jfcr.or.jp/laboratory/department/cell_biology/www/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 | 大腸がん幹細胞の同定と細胞階層性・可塑性の解明 | 16K14620 |
| 科学研究費助成事業 新学術領域研究 | 先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム | 16H06279 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Comparative Analysis of Patient-Matched PDOs Revealed a Reduction in OLFM4-Associated Clusters in Metastatic Lesions in Colorectal Cancer | doi: 10.1016/j.stemcr.2021.02.012 | JGAD000208 |
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
