研究内容の概要

目的： 日本人の胆道がんにおけるゲノム変異を探索する

方法： 胆道がん切除切片における非腫瘍組織（正常組織）および腫瘍組織より抽出したDNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeq 2000/2500にて塩基配列を決定する。

対象： 胆道がん症例の腫瘍組織および非腫瘍組織のDNA

データID	内容	制限	公開日
JGAS000109	NGS（WGS） NGS（Exome）	制限公開（Type I）	2018/02/27
JGAS000109 にデータ追加	NGS（WGS）	制限公開（Type I）	2019/06/21

データID

内容

制限

公開日

JGAS000109

制限公開（Type I）

2018/02/27

JGAS000109 にデータ追加

制限公開（Type I）

2019/06/21

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分子データ


対象	胆道がん（ICD10：C22, 23, 24）：14 症例 + 3 症例　　腫瘍組織：23 検体 + 6 検体　　非腫瘍組織：14 検体 + 3 検体
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000/2500, NovaSeq 6000]
ライブラリソース	胆道がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	TruSeq DNA Sample Prep kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000117（EGAS00001000678 [EGAD00001000809]に含まれる）
総データ量	2.4 TB（fastq） + 375 GB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy


対象	胆道がん（ICD10：C22, 23, 24）：81 症例　　腫瘍組織：138 検体　　非腫瘍組織：128 検体
規模	Exome
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース	胆道がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	Nextera Rapid Capture kit、もしくは SureSelect Exome V5 kit
断片化の方法	超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	125 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000118
総データ量	1.7 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 中川英刀

所属機関： 理化学研究所生命医科学研究センター

プロジェクト/研究グループ名：-

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
-

	タイトル	DOI	データID
1	Genomic characterization of biliary tract cancers identifies their driver genes and predisposing mutations.	doi: 10.1016/j.jhep.2018.01.009	JGAD000117 JGAD000118
2

研究代表者	所属機関	研究題目	利用データID	利用期間
柴田龍弘	国立がん研究センター研究所・がんゲノミクス分野		JGAD000117, JGAD000118	2018/09/12-2022/09/30
木下健吾	東北大学東北メディカル・メガバンク機構	日本人全ゲノムデータベースの構築	JGAD000117	2019/06/24-2022/03/31