NBDC Research ID: hum0103.v1
最新版はこちらです
研究内容の概要
目的： 日本人の胆道がんにおけるゲノム変異を探索する
方法： 胆道がん切除切片における非腫瘍組織（正常組織）および腫瘍組織より抽出したDNAを使用したNGSライブラリーを作成後、Illumina HiSeq 2000/2500にて塩基配列を決定する。
対象： 胆道がん症例の腫瘍組織および非腫瘍組織のDNA
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000109 | 制限公開（Type I） | 2018/02/27 |
※リリース情報はこちら
※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
| 対象 |
胆道がん（ICD10：C22, 23, 24）：14 症例 腫瘍組織：23 検体 非腫瘍組織：14 検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 胆道がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq DNA Sample Prep kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000117（EGAS00001000678 [EGAD00001000809]に含まれる） |
| 総データ量 | 2.4 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胆道がん（ICD10：C22, 23, 24）：81 症例 腫瘍組織：138 検体 非腫瘍組織：128 検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 胆道がん切除切片における腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Nextera Rapid Capture kit、もしくは SureSelect Exome V5 kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000118 |
| 総データ量 | 1.7 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 中川 英刀
所 属 機 関： 理化学研究所 生命医科学研究センター
プロジェクト/研究グループ名：-
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Genomic characterization of biliary tract cancers identifies their driver genes and predisposing mutations. | doi: 10.1016/j.jhep.2018.01.009 |
JGAD000117 JGAD000118 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
| 柴田 龍弘 | 国立がん研究センター研究所・がんゲノミクス分野 | JGAD000117, JGAD000118 | 2018/09/12-2022/09/30 |
