NBDC Research ID: hum0096.v1
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研究内容の概要
目的： 多数の小児T細胞性急性リンパ芽球性白血病（小児T-ALL）検体について、次世代シーケンサーを用いた種々の遺伝子解析技術により、疾患発症の原因となる遺伝子異常をゲノムワイドに同定し、解析する。
方法： RNA-seq解析により融合遺伝子を同定し、発現解析をする。
対象： 小児T-ALL 123症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000090 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2017/05/25 |
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分子データ
| 対象 | 小児T-ALL（ICD10：C91.0）：123症例 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [Hiseq 2500] |
| ライブラリソース | 小児T-ALL患者の骨髄液や末梢血、リンパ節から抽出したtotal RNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
TruSeq RNA Library Prep Kit NEBNext Ultra RNA Library Prep Kit for Illumina |
| 断片化の方法 | 酵素反応 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 108 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000090 |
| 総データ量 | 927 GB （bam [ref: hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 滝田 順子
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 生殖・発達・加齢医学専攻 小児医学講座
プロジェクト/研究グループ名：
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん医療創生研究事業（P-CREATE） | 分子プロファイリングを基盤とした小児期からAYA世代に発症する難治がんの新規治療法 の開発 | JP16cm0106509 |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（B） | マルチオミックス情報を基盤とした難治性小児がんに対する新規克服法の開発 | 17H04224 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Recurrent PU.1 (SPI1) fusions in high-risk pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia | doi: 10.1038/ng.3900 | JGAD000090 |
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
| Jinyan HUANG | Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital | JGAD000090 | 2017/07/19-2018/04/01 |
| BERNARD Olivier | Institut Gustave Roussy | JGAD000090 | 2017/09/14-2019/12/31 |
| Jun J Yang | Department of Pharmaceutical Science, St. Jude Children's Hospital | JGAD000090 | 2019/04/11-2019/07/07 |
