NBDC Research ID: hum0094.v2
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研究内容の概要
目的： ゲノム解析による乳がんおよび肺腺がんの病態解明
方法： HiSeq2000/2500によるWhole Genome Sequencing (WGS)、Whole Exome Sequencing (WES)、RNA-seq。WGSおよびWESは腫瘍組織とペア正常組織を解析している。
対象： 手術切除切片（腫瘍組織および非腫瘍組織）、末梢血（正常組織）
WES：トリプルネガティブ乳がん36症例
肺腺がん43症例
WGS：トリプルネガティブ乳がん16症例（WESを実施した36症例に含まれる）
RNA-seq：トリプルネガティブ乳がん23症例（WESを実施した36症例に含まれる）
エストロゲン受容体陽性乳がん17症例
HER2陽性乳がん15症例
肺腺がん43症例
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000095 | NGS（WGS、ExomeおよびRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2017/09/04 |
| JGAS000105 | NGS（ExomeおよびRNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2018/01/22 |
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分子データ
| 対象 | トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：16症例 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 乳がんの切除標本（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）もしくは末梢血（正常組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina® |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 103 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000095 |
| 総データ量 | 8 TB（bam [ref：hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：36症例 肺腺がん（ICD10：C349）：43症例 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 乳がんおよび肺腺がんの切除標本（腫瘍組織およびペア非腫瘍組織）もしくは末梢血（正常組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®, SureSelect Human All Exon V5 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 103 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID |
トリプルネガティブ乳がん：JGAD000095 肺腺がん：JGAD000110（bam） |
| 総データ量 | 10 TB（bam [ref：hg19/hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） |
NBDC policy（JGAD000095） NBDC policy および 民間企業における利用禁止（JGAD000110） |
| 対象 |
トリプルネガティブ乳がん（ICD10：C50）：23症例 エストロゲン受容体陽性乳がん（ICD10：C50）：17症例 HER2陽性乳がん（ICD10：C50）：15症例 肺腺がん（ICD10：C349）：43症例 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
| ライブラリソース | 乳がんおよび肺腺がんの切除標本（腫瘍組織）から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina® |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 103 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID |
乳がん：JGAD000095 肺腺がん：JGAD000111（fastq） |
| 総データ量 | 10 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） |
NBDC policy（JGAD000095） NBDC policy および 民間企業における利用禁止（JGAD000111） |
提供者情報
研究代表者： 間野 博行
所 属 機 関： 東京大学大学院 医学系研究科 細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名：
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（AMED-LEAP） | がん治療標的探索プロジェクト | - |
| 科学研究費助成事業 基盤研究（C） | ヒト悪性腫瘍におけるRACがん遺伝子の発がん機構の解明 | 26430106 |
| 高松宮妃癌研究基金 | RACがん遺伝子の発がんメカニズムの解明 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency | doi: 10.1371/journal.pgen.1006853 | JGAD000095 |
| 2 | Inactivating mutations and hypermethylation of the NKX2-1/TTF-1 gene in non-terminal respiratory unit-type lung adenocarcinomas. | doi: 10.1111/cas.13313 | JGAD000110、JGAD000111 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
| Subhajyoti De | Rutgers Cancer Institute, Rutgers the State University of New Jersey | JGAD000095 | 2018/08/06-2021/05/31 |
| Youping Deng | Department of Complementary and Integrative Medicine, University of Hawai Manoa | JGAD000110, JGAD000111 | 2018/10/04-2025/07/10 |
