NBDC Research ID: hum0094.v1
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研究内容の概要
目的: ゲノム解析による乳がんの病態解明
方法: HiSeq2000/2500によるWhole Genome Sequencing (WGS)、Whole Exome Sequencing (WES)、RNA-seq。WGSおよびWESは腫瘍組織とペア正常組織を解析している。
対象: 手術切除切片(腫瘍組織および非腫瘍組織)、末梢血(正常組織)
WES:トリプルネガティブ乳がん36症例
WGS:トリプルネガティブ乳がん16症例(WESを実施した36症例に含まれる)
RNA-seq:トリプルネガティブ乳がん23症例(WESを実施した36症例に含まれる)
エストロゲン受容体陽性乳がん17症例
HER2陽性乳がん15症例
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
---|---|---|---|
JGAS000095 | NGS(WGS、ExomeおよびRNA-seq) | 制限公開(Type I) | 2017/09/04 |
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分子データ
対象 | トリプルネガティブ乳がん(ICD10:C50):16症例 |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | 乳がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)もしくは末梢血(正常組織)から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina® |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 103 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000095 |
総データ量 | 8 TB(bam [ref:hg19]) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 | トリプルネガティブ乳がん(ICD10:C50):36症例 |
規模 | Exome |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | 乳がんの切除標本(腫瘍組織およびペア非腫瘍組織)もしくは末梢血(正常組織)から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | NEBNext® Ultra™ DNA Library Prep Kit for Illumina®, SureSelect Human All Exon V5 |
断片化の方法 | 超音波断片化(Covaris) |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 103 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000095 |
総データ量 | 8 TB(bam [ref:hg19]) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
対象 |
トリプルネガティブ乳がん(ICD10:C50):23症例 エストロゲン受容体陽性乳がん(ICD10:C50):17症例 HER2陽性乳がん(ICD10:C50):15症例 |
規模 | RNA-seq |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | Illumina [HiSeq 2000/2500] |
ライブラリソース | 乳がんの切除標本(腫瘍組織)から抽出したRNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | NEBNext® Ultra™ Directional RNA Library Prep Kit for Illumina® |
断片化の方法 | 熱処理 |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 103 bp |
Japanese Genotype-phenotype Archive Data set ID | JGAD000095 |
総データ量 | 8 TB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者: 間野 博行
所 属 機 関: 東京大学大学院 医学系研究科 細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名:
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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日本医療研究開発機構・革新的先端研究開発支援事業 | がん治療標的探索プロジェクト | - |
科学研究費助成事業 基盤研究(C) | ヒト悪性腫瘍におけるRACがん遺伝子の発がん機構の解明 | 26430106 |
高松宮妃癌研究基金 | RACがん遺伝子の発がんメカニズムの解明 | - |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
---|---|---|---|
1 | Integrative analysis of genomic alterations in triple-negative breast cancer in association with homologous recombination deficiency | doi: 10.1371/journal.pgen.1006853 | JGAD000095 |
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制限公開データの利用者一覧
研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
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