NBDC Research ID: hum0090.v1
研究内容の概要
目的： 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（The International Human Epigenome Consortium: IHEC）に参画し、年齢・性別の異なる複数の日本人検体から得られた正常細胞等の高品質な標準エピゲノムプロファイルを取得し、データを広く公開して研究基盤形成に貢献する。
方法： 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞を対象とするChIP-seq解析、RNA-seq解析、PBAT-seq解析
対象： 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞12種類（正常：12例）
URL： http://crest-ihec.jp/project/index.html
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000078 | NGS（PBAT-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/11/18 |
| JGAS000079 | NGS（ChIP-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/11/18 |
| JGAS000080 | NGS（RNA-seq） | 制限公開（Type I） | 2016/11/18 |
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分子データ
| 対象 | 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞12種類（正常：12細胞） |
| 規模 | PBAT-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
Post-Bisulfite Adaptor-Tagging（PBAT）法 |
| 断片化の方法 | Post-bisulfite adaptor-tagging（PBAT）法による（Bisulfite変換に伴うDNA切断） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000078 |
| 総データ量 | 1 TB (fastq [61files / 23,164,882,050 reads]) |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞12種類（正常：12細胞） |
| 規模 | ChIP-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | 抗H3K4me3、H3K9me3、H3K27me3、H3K27ac、H3K4me1、H3K36me3モノクローナル抗体（東京工業大学木村宏教授提供）を用いて免疫沈降 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（BRANSON SLPe, amplitude 40%, on 30 sec and off 30 sec, 10 cycles, on ice） |
| ライブラリ構築方法 | Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 36 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000079 |
| 総データ量 | 171 GB （fastq [85 files / 2,619,042,051 reads]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞12種類（正常：12細胞） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 大腸（右半結腸、左半結腸、直腸）粘膜から腺管分離法で純化した吸収上皮細胞より抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Strand Specific RNA kit |
| 断片化の方法 | 二価陽イオンと温度（94℃） によるRNAの断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000080 |
| 総データ量 | 91 GB （fastq [25 files / 1,189,610,268 reads]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 金井 弥栄
所 属 機 関： 慶應義塾大学医学部病理学教室
プロジェクト/研究グループ名：革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム（IHEC）金井チーム
URL： http://crest-ihec.jp/index.html
URL： http://www.jst.go.jp/kisoken/crest/research_area/completed/bunyah23-4.html
URL： https://pathology.med.keio.ac.jp/
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 「エピゲノム研究に基づく診断・治療へ向けた新技術の創出」領域 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | |||
| 2 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Guillaume Bourque | McGill University / McGill University & Genome Quebec Innovation Center |
JGAD000078 JGAD000079 JGAD000080 |
2018/06/07-2020/03/20 | ||
| Martin Hirst | BC Cancer |
JGAD000078 JGAD000079 JGAD000080 |
2018/08/06-2022/05/31 | ||
| Anton Wellstein | Georgetown University School of Medicine, Department of Oncology | Biomarkers to evaluate immune related adverse events (irAEs) due to treatment with immune checkpoint inhibitors (ICIs) | JGAD000078 | 2020/11/06-2021/09/01 | |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000080 | 2022/12/26-2025/03/31 |
