NBDC Research ID: hum0069.v1

 

研究内容の概要

目的： 神経疾患患者の脳脊髄液（CSF）および血清中のエクソソーム分画におけるsmall RNA（miRNA）のプロファイリングを次世代シークエンサーを用いて行うことで、有用性の高いバイオマーカーを探索する。

方法： 腰椎穿刺によりCSFおよび血清を採取し、超遠心法によりエクソソーム分画を分離後Total RNAを抽出した。Small RNAライブラリーはTruSeq Small RNA Library Prep Kit（Illumina社）を用いて作製し、10-30塩基のRNAを解析のターゲットとしてPCR 15サイクルで増幅後、HiSeq 2500（Illumina社）を用いて50 baseを読んだ（single-end）。Small RNAシークエンスデータはBWA（version 0.5.9）を用いてhuman reference genome（hg19）にマッピング、small RNAクラスターのmiRNAへのアノテーションにはmiRbase（version 20）を用いた。また、miRdeep2 package（version 2.0.0.7）の‘quantifier.pl’スクリプトを用いたデータ処理、解析もあわせて施行した。

対象： 3名の神経筋疾患患者から得られた脳脊髄液および血清ペア（合計6検体）

URL： http://www.tmd.ac.jp/med/nuro/study.html#study01_3

 

データID内容制限公開日
JGAS000064 NGS（small RNA-seq） 制限公開（Type I） 2016/12/09

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分子データ

JGAS000064
対象

神経筋疾患：3症例

脳脊髄液および血清ペア　（合計 6検体、12サンプル）
規模 small RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2500]
ライブラリソース 脳脊髄液および血清のエクソソーム分画から抽出したTotal RNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名） TruSeq Small RNA Library Prep Kit（Illumina社）
断片化の方法 -
ライブラリ構築方法 Single-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 50 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000064
総データ量

5 GB

　Data ファイル数：12 （fastq）

　Analysis ファイル数：1 （other [ref：hg19]）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 横田 隆徳

所 属 機 関： 東京医科歯科大学大学院 脳神経病態学分野（神経内科）

プロジェクト/研究グループ名： 体液中マイクロRNA測定技術基盤開発プロジェクト

URL： http://www.tmd.ac.jp/med/nuro/study.html#study01_3

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業 / 新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO） 体液中マイクロRNA測定技術基盤開発 JP16ae0101016

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Next-generation sequencing-based small RNA profiling of cerebrospinal fluid exosomes. doi: 10.1016/j.neulet.2016.10.042 JGAD000064
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
Ana M. Aransay CIC bioGUNE JGAD000064 2018/12/18-2019/01/31