hum0068 リリース情報
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| Research ID | 公開日 | 内容 |
|---|---|---|
| hum0068.v8 | 2023/09/22 | Xenium In Situ Gene Expression |
| hum0068.v7 | 2023/06/19 | Xenium In Situ Gene Expression |
| hum0068.v6 | 2023/02/10 | NGS（WGS、RNA-seq、Target Capture、Visium Spatial Gene Expression）、病理画像、Multiplex Fluorescence Immunostaining |
| hum0068.v5 | 2022/12/27 | JGAD000252の加工データ |
| hum0068.v4 | 2022/03/23 | NGS（scDNA-seq、RNA-seq） |
| hum0068.v3 | 2021/12/14 | NGS（RNA-seq、WGS） |
| hum0068.v2 | 2020/10/19 | NGS（WGS） |
| hum0068.v1 | 2017/07/10 | NGS（PCR amplicon Seq） |
hum0068.v8
肺腺がん1症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。
hum0068.v7
肺腺がん1症例の腫瘍組織に対して実施した10xによるXenium高性能in situ遺伝子発現マッピングデータをcsv、h5、html、json、mtx、tiff、parquet、tsv、xenium、zarrファイルにて提供する。
hum0068.v6
肺腺がん74症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA/RNAを対象としたWGS解析、RNA-seq解析、ならびにTarget Capture解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Nano DNA Library Prep kit、TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit、SQK-LSK109、SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit、Nextera XT DNA Library Preparation Kit、TruSeq Stranded mRNA Library Prep、TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Gold、SMART-Seq Stranded KitおよびSureSelect NCC oncopanelにてライブラリを作製し、NovaSeq、HiSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。
肺腺がん3症例の腫瘍組織に対して実施したIlluminaによる空間トランスクリプトームVisiumシークエンスデータをfastq、png、json、csvファイルにて提供する。
肺腺がん3症例の腫瘍組織に対して実施したPhenoCyclerシステムによる多重蛍光免疫染色データをqptiffファイルにて提供する。
hum0068.v5
hum0068.v2のfastqファイル（JGAD000252）に対して、特定の解析パイプラインにより加工したCRAM/gVCF/aggregate VCFファイルを提供する。利用を希望する場合は、データ利用申請書にJGAD000252（元データ）とJGAD000670（加工データ）を記載すること。
hum0068.v4
肺腺がん2症例の腫瘍組織から単離した細胞から抽出したDNAを対象としたsingle cellのWGS解析結果をfastqファイルにて提供する。Chromium Single Cell DNA Reagent Kits にてライブラリを作製し、NovaSeqを用いてシークエンスを行った。
肺腺がん5症例の腫瘍組織から抽出したRNAを対象としたRNA-seq解析の結果をfastqファイルにて提供する。SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kitにてライブラリを作製し、NovaSeqを用いてシークエンスを行った。
hum0068.v3
肺腺がん11症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA/DNAを対象としたRNA-seq解析ならびにWGS解析の結果をfastqファイルにて提供する。SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA KitおよびSQK-LSK109にてライブラリを作製し、NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。
hum0068.v2
肺腺がん21症例の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNAを対象としたWGS解析の結果をfastqファイルにて提供する。TruSeq Nano DNA Library Prep kitおよびSQK-LSK109にてライブラリを作製し、NovaSeqおよびナノポアシークエンサーPromethIONを用いてシークエンスを行った。
hum0068.v1
肺腺がん8症例の腫瘍組織から抽出したRNAを対象とし、逆転写反応の後にPCRによって目的領域を増幅した。Nanopore Sequencing Kitにてライブラリを作製し、MinION（Oxford Nanopore Technologies社）を用いたシークエンスの結果をFastqファイルにて提供する。
Note：
