NBDC Research ID: hum0067.v1
研究内容の概要
目的： 卵巣明細胞腺がんに対する新規バイオマーカーの検索と化学療法感受性に関する検討
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： 卵巣明細胞腺がん55症例の腫瘍組織と非腫瘍組織（末梢血または間質組織）の合計110検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000076 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2017/05/18 |
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分子データ
| 対象 |
卵巣明細胞腺がん：55症例 腫瘍組織および非腫瘍組織（末梢血または間質組織）：計110検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 腫瘍組織もしくは非腫瘍組織（末梢血または間質組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Custom Kit （SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA） |
| 断片化の方法 | 超音波断片化 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp x 2 |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000076 |
| 総データ量 | 2 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 杉山 徹
所 属 機 関： 岩手医科大学 医学部 産婦人科学講座
プロジェクト/研究グループ名： -
URL： http://p-direct.jfcr.or.jp/program/group02/team01.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 文部科学省 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム | 卵巣がんにおける化学療法効果規定因子の探索 | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | - |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 万代 昌紀 | 京都大学医学部医学研究科婦人科学産科学教室 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者のオミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプト-ム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | JGAD000076 | 2018/10/04-2025/03/31 | |
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000076 | 2019/08/05-2023/03/31 | |
| 角田 達彦 | 東京大学生物科学専攻 医科学数理研究室 | オーダーメイド医療のためのシーケンス、画像データなどの解析に関する研究（9） | JGAD000076 | 2021/07/05-2026/03/31 | |
| 松村 謙臣 | 近畿大学医学部 産科婦人科学教室 | 日本 | JGOG3017-TR1：エクソームシークエンスデータを有する卵巣明細胞癌のRNAseq解析 | JGAD000076 | 2024/10/15-2025/12/31 |
| 山口 建 | 京都大学大学院医学研究科・医学部 婦人科学・産科学 | 日本 | JGOG3017-TR1：エクソームシークエンスデータを有する卵巣明細胞癌のRNAseq解析 | JGAD000076 | 2024/10/22-2025/12/31 |
