NBDC Research ID: hum0066.v1

 

研究内容の概要

目的： 大腸がんのゲノムレベルの腫瘍内不均一性について明らかにする

方法： 大腸がんと肝転移巣の腫瘍組織および非腫瘍組織より抽出したDNAを使用したエクソーム解析

対象： 根治的腫瘍切除術を実施した大腸がん9症例

URL： https://www.kyushu-u.ac.jp/f/5858/2016_02_19_2.pdf

 

データID内容制限公開日
JGAS000060 NGS（Exome） 制限公開（Type I） 2016/08/01

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分子データ

JGAS000060
対象 大腸がん：9症例（84検体 [腫瘍組織：71検体、肝転移巣：4検体、非腫瘍組織：9検体]）
規模 Exome
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2000]
ライブラリソース 大腸がん症例の腫瘍組織、非腫瘍組織、および肝転移巣より抽出したDNA
検体情報（購入の場合） -
ライブラリ作製方法（キット名）

SureSelect Human All Exon Kit v4.0 （Agilent Technologies）

　　　1症例9検体（腫瘍組織：8検体、非腫瘍組織1検体）

SureSelect Human All Exon Kit v5.0 （Agilent Technologies）

　　　8症例75検体（腫瘍組織：63検体、肝転移巣：4検体、非腫瘍組織：8検体）
断片化の方法 超音波断片化（Covaris）
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 100 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000060
総データ量 1545 GB（fastq [1650 files]）
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提供者情報

研究代表者： 三森 功士

所 属 機 関： 九州大学病院 別府病院 外科

プロジェクト/研究グループ名：

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
先端研究助成基金助成金（最先端・次世代研究開発支援プログラム） 癌の再発・転移に関与する non-coding RNA の同定とその機序解明 LS094
科学研究費助成事業　若手研究(B) 大腸癌におけるMYCとの合成致死作用を持つ遺伝子の同定 25861199
科学研究費助成事業 新学術領域研究 システム的統合理解に基づくがんの先端的診断、治療、予防法の開発 4201
HPCI戦略プログラム　分野1 予測する生命科学・医療および創薬基盤 SCLS課題4

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Integrated Multiregional Analysis Proposing a New Model of Colorectal Cancer Evolution. doi: 10.1371/journal.pgen.1005778 JGAD000060
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
Christina Curtis Stanford Univ. JGAD000060 2016/08/04-2018/08/01
白石 航也 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 JGAD000060 2019/08/05-2023/03/31
Ruping Sun Department of laboratory medicine and pathology, University of Minnesota Accounting for Copy Number States in Quantifying Tumor Heterogeneity JGAD000060 2020/03/19-2022/08/01