NBDC Research ID: hum0059.v1
研究内容の概要
目的： 漿液性卵巣がんにおいて分子プロファイリングをもとに難治がん克服のための新たな治療戦略を確立する。
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： 卵巣がん65症例の正常組織と原発巣・再発巣の腫瘍組織の合計148検体
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000104 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2018/04/06 |
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分子データ
| 対象 |
卵巣がん：65症例（合計148検体） 正常組織：67検体 腫瘍組織：81検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 正常組織と原発巣・再発巣の腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
SureSelect Human All Exon V4 + lincRNA SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000109 |
| 総データ量 | 3 TB（fastq） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 加藤 一喜
所 属 機 関： がん研有明病院
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） | 分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発（進行性卵巣がんの治療感受性を規定する遺伝子変異の同定） | JP15cm0106061 |
| 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特定奨励費） | 先進的がん治療法開発のためのマルチオミック解析による基盤的基礎研究（患者腫瘍検体のゲノム・エピゲノム情報解析とデータベース構築） | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | - |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 万代 昌紀 | 京都大学医学部医学研究科婦人科学産科学教室 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者の尾ミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプト-ム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | JGAD000109 | 2018/10/04-2025/03/31 | |
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000109 | 2019/08/05-2023/03/31 | |
| 松村 謙臣 | 近畿大学医学部 産科婦人科学教室 | 日本 | JGOG3017-TR1：エクソームシークエンスデータを有する卵巣明細胞癌のRNAseq解析 | JGAD000109 | 2024/10/15-2025/12/31 |
| 山口 建 | 京都大学大学院医学研究科・医学部 婦人科学・産科学 | 日本 | JGOG3017-TR1：エクソームシークエンスデータを有する卵巣明細胞癌のRNAseq解析 | JGAD000109 | 2024/10/22-2025/12/31 |
