NBDC Research ID: hum0058.v1
研究内容の概要
目的： 大腸がんの有効な治療法開発に役立つ分子標的、および患者層別化のためのゲノム・エピゲノムマーカーの同定
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析
対象： 大腸がん89症例の正常組織と、原発巣及び転移巣の腫瘍組織
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000091 | NGS（Exome） | 制限公開（Type I） | 2018/04/06 |
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分子データ
| 対象 |
大腸がん：89症例（合計297検体） 非腫瘍組織（正常組織）：89検体 腫瘍組織（原発巣・転移巣）：208検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 大腸がん89症例の正常組織、原発巣及び転移巣の腫瘍組織より抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | SureSelect Human All Exon V4 + lincRNA、SureSelect Human All Exon V5 + lincRNA |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris E220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000091 |
| 総データ量 | 6 TB （fastq [594 files]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 山口 俊晴
所 属 機 関： がん研究会有明病院
プロジェクト/研究グループ名： -
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
|
日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） |
分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発（消化器がん及びリンパ腫の再発／転移に特徴的な遺伝子変異の同定） | JP15cm0106060 |
| 科学研究費助成事業（科学研究費補助金）（特定奨励費） | 先進的がん治療法開発のためのマルチオミック解析による基盤的基礎研究（患者腫瘍検体のゲノム・エピゲノム情報解析とデータベース構築） | - |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | - | ||
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制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| 寶珍 輝尚 | 京都工芸繊維大学・情報工学・人間科学系 | 機械学習によるヒトゲノム変異の解析 | JGAD000091 | 2019/07/09-2021/03/31 | |
| 白石 航也 | 国立研究開発法人国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野 | ゲノム解析に基づく宿主並びに腫瘍における免疫応答ネットワーク機構の解明 | JGAD000091 | 2019/08/05-2023/03/31 | |
| 万代 昌紀 | 京都大学医学部医学研究科 婦人科学産科学教室 | 多様な臨床情報を考慮した婦人科悪性腫瘍患者のオミックス解析（全ゲノム・全トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム解析）による個別化治療の探索 | JGAD000091 | 2020/03/13-2025/03/31 |
