NBDC Research ID: hum0045.v1

研究内容の概要

目的： 思春期・若年成人急性リンパ芽球性白血病（Acute Lymphoblastic Leukemia: ALL）の発症の原因となる遺伝子異常を同定する。

方法： Illumina HiSeq 2000 / 2500を使用したRNA-seq解析

対象： フィラデルフィア染色体陰性ALL 99症例、フィラデルフィア染色体陽性ALL 3症例、セルライン 5検体、正常血球細胞 8検体

URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html

データID	内容	制限	公開日
JGAS000047	NGS（RNA-seq）	制限公開（Type I）	2016/03/29

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分子データ


対象	フィラデルフィア染色体陰性ALL：99症例、フィラデルフィア染色体陽性ALL：3症例、セルライン：5検体、正常血球細胞：8検体
規模	RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース	【フィラデルフィア染色体陰性/陽性ALL検体】末梢血もしくは骨髄液から抽出したmRNA 【セルライン、正常血球細胞】培養された細胞から抽出したmRNA
検体情報（購入の場合）	セルライン、正常血球細胞（Takara/Lonzaより購入）
ライブラリ作製方法（キット名）	NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法	熱処理
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	104 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID	JGAD000047
総データ量	3.29 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項）	NBDC policy

研究代表者： 間野博行

所属機関： 国立がん研究センター研究所細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名： -

URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ（LEAP）	がん治療標的探索プロジェクト	15653406

	タイトル	DOI	データID
1	Recurrent DUX4 fusions in B-cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults	doi:10.1038/ng.3535	JGAD000047
2

研究代表者	所属機関	国・州名	研究題目	利用データID	利用期間
Jinyan Huang	Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital			JGAD000047	2016/5/23-2017/4/1
Robert Bradley	Fred Hutchinson Cancer Research Center, Public Health Science			JGAD000047	2016/08/04-2016/12/27
Christine Harrison	Northern Institute for Cnacer Research, Newcastle University			JGAD000047	2019/05/07-2025/05/01
Jinyan Huang	Zhejiang University School of Medicine		Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors	JGAD000047	2022/03/07-2024/01/01
浜田道昭	早稲田大学理工学術院	日本	RNA標的創薬データベースの構築	JGAD000047	2022/12/26-2025/03/31