NBDC Research ID: hum0045.v1

 

研究内容の概要

目的： 思春期・若年成人急性リンパ芽球性白血病（Acute Lymphoblastic Leukemia: ALL）の発症の原因となる遺伝子異常を同定する。

方法： Illumina HiSeq 2000 / 2500を使用したRNA-seq解析

対象： フィラデルフィア染色体陰性ALL 99症例、フィラデルフィア染色体陽性ALL 3症例、セルライン 5検体、正常血球細胞 8検体

URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html

 

データID内容制限公開日
JGAS000047 NGS（RNA-seq） 制限公開（Type I） 2016/03/29

※リリース情報はこちら

※制限公開データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。

 

分子データ

JGAS000047
対象

フィラデルフィア染色体陰性ALL：99症例、フィラデルフィア染色体陽性ALL：3症例、

セルライン：5検体、正常血球細胞：8検体
規模 RNA-seq
対象領域（Target Captureの場合） -
Platform Illumina [HiSeq 2000/2500]
ライブラリソース

【フィラデルフィア染色体陰性/陽性ALL検体】

末梢血もしくは骨髄液から抽出したmRNA

【セルライン、正常血球細胞】

培養された細胞から抽出したmRNA
検体情報（購入の場合） セルライン、正常血球細胞（Takara/Lonzaより購入）
ライブラリ作製方法（キット名） NEBNext Ultra Directional RNA Library Prep Kit for Illumina
断片化の方法 熱処理
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） 104 bp
Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID JGAD000047
総データ量 3.29 TB（fastq）
コメント（利用にあたっての制限事項） NBDC policy

 

提供者情報

研究代表者： 間野 博行

所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名： -

URL： https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED） 革新的先端研究開発支援事業 インキュベートタイプ（LEAP） がん治療標的探索プロジェクト 15653406

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Recurrent DUX4 fusions in B-cell acute lymphoblastic leukemia of adolescents and young adults doi:10.1038/ng.3535 JGAD000047
2

 

制限公開データの利用者一覧

研究代表者所属機関国・州名研究題目利用データID利用期間
Jinyan Huang Shanghai Jiao Tong University School of Medicine, State Key Laboratory Of Medical Genomics, Rui-jin Hospital JGAD000047 2016/5/23-2017/4/1
Robert Bradley Fred Hutchinson Cancer Research Center, Public Health Science JGAD000047 2016/08/04-2016/12/27
Christine Harrison Northern Institute for Cnacer Research, Newcastle University JGAD000047 2019/05/07-2025/05/01
Jinyan Huang Zhejiang University School of Medicine Comprehensive analysis of alternative splicing in malignant tumors JGAD000047 2022/03/07-2024/01/01
浜田 道昭 早稲田大学 理工学術院 日本 RNA標的創薬データベースの構築 JGAD000047 2022/12/26-2025/03/31