NBDC Research ID: hum0040.v1
研究内容の概要
目的： ヒト胎盤におけるインプリント制御領域およびインプリント遺伝子の同定
方法： 母親由来アリルと父親由来方アリルを区別するため、Whole Genome Sequencing （WGS）もしくはWhole Exon sequencing （WES）解析を用い、ヒト胎盤および母体血より一塩基多型情報を取得した。次に、ヒト胎盤サンプルのBisulfite sequencing（BS-seq）解析およびRNA-seq解析を行い、アリル特異的DNAメチル化および遺伝子発現解析を行った。
対象： ヒト胎盤および母体血
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000038 | 制限公開（Type I） | 2016/09/16 |
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分子データ
| 対象 |
胎盤 ：2検体 母体血：2検体 |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris M220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000038 |
| 総データ量 | 約 540 GB (fastq.gz) |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
胎盤 ：24検体 母体血：24検体 |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胎盤および母体血から抽出したゲノムDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） |
SureSelect Human All Exon V5+UTRs Kit および TruSeq Nano DNA LT Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris M220） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000038 |
| 総データ量 | 約 490 GB (fastq.gz) |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胎盤：15検体 |
| 規模 | WGBS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胎盤から抽出したゲノムDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | PBAT法 もしくは NEBNext Ultra DNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 |
超音波断片化（Covaris M220） PBAT法は断片化なし |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end もしくは Single-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000038 |
| 総データ量 | 約 320 GB (fastq.gz) |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 | 胎盤 ：21検体 |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2500] |
| ライブラリソース | 胎盤から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit |
| 断片化の方法 | 熱処理 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 101 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID | JGAD000038 |
| 総データ量 | 約 220 GB (fastq.gz) |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 有馬 隆博
所 属 機 関： 東北大学大学院 医学系研究科 環境遺伝医学総合研究センター 情報遺伝学分野
プロジェクト/研究グループ名：生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構 革新的先端研究開発支援事業（AMED-CREST） | 生殖発生にかかわる細胞のエピゲノム解析基盤研究 | JP17gm0510011 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta | doi: 10.1016/j.ajhg.2016.08.021 | JGAD000038 |
| 2 | Derivation of Human Trophoblast Stem Cells | doi: 10.1016/j.stem.2017.11.004 | JGAD000038 JGAX000007522 JGAX000007532 JGAX000007538 JGAX000007488 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 国・州名 | 研究題目 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|---|---|
| Martin Hirst | BC Cancer | JGAD000038 | 2018/08/06-2022/05/31 | ||
| Zhigang Xue | School of Medicine and Life Science, Tongji University | JGAD000038 | 2018/12/17-2022/12/31 | ||
| Gianluca Ursini | Lieber Institute for Brain Development, Johns Hopkins University School of Medicine | アメリカ合衆国 | Analysis of the transcriptional profile of Human Trophoblast Stem Cells | JGAD000038 | 2022/05/20-2025/12/31 |
| 浜田 道昭 | 早稲田大学 理工学術院 | 日本 | RNA標的創薬データベースの構築 | JGAD000038 | 2022/12/26-2025/03/31 |
| 依馬 正次 | 滋賀医科大学 動物生命科学研究センター 幹細胞・ヒト疾患モデル研究分野 | 日本 | ヒト胎盤からの栄養膜幹細胞の単離と性状解析 | JGAD000038 | 2024/08/19-2026/08/31 |
