NBDC Research ID: hum0006.v3
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研究内容の概要
目的： 脳腫瘍のゲノム・遺伝子解析とその臨床病理学的意義の解明
方法： Illumina HiSeq 2000を使用したExome解析、RNA-seq解析、および、メチレーションアレイ解析
対象： アストロサイトーマ6症例の初発時の腫瘍組織、再発時の腫瘍組織、および、末梢血（非腫瘍組織）
オリゴデンドログリオーマ12症例の初発時の腫瘍組織、再発時の腫瘍組織、および、末梢血（非腫瘍組織）
オリゴデンドログリオーマ4症例の初発時の2カ所の別の部位の腫瘍組織、および、末梢血（非腫瘍組織）
グリオーマ（小脳17症例、視床14症例、大脳8症例）の腫瘍組織、および、末梢血（非腫瘍組織）
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| JGAS000004 |
アストロサイトーマ NGS（Exome） |
制限公開（Type I） | 2014/01/31 |
| JGAS000004 データ追加 |
オリゴデンドログリオーマ |
制限公開（Type I） | 2017/06/05 |
| JGAS000106 |
グリオーマ（小脳・視床・大脳） |
制限公開（Type I） | 2017/09/01 |
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分子データ
| 対象 |
脳腫瘍： アストロサイトーマ（ICD10：C71）：6症例（23検体） オリゴデンドログリオーマ（ICD10：C71）：16症例（48検体） 小脳グリオーマ（ICD10：C71）：17症例 （34検体） |
| 規模 | Exome |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 初発時・再発時の腫瘍組織（または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織）および末梢血（非腫瘍組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | Agilent SureSelect Human All Exon v.4 |
| 断片化の方法 | 超音波断片化（Covaris SS） |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000004（アストロサイトーマ） JGAD000106（オリゴデンドログリオーマ） JGAD000112（小脳グリオーマ） |
| 総データ量 | 1070 GB（fastq、bam [ref: hg19]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
オリゴデンドログリオーマ（ICD10：C71）：16症例（27検体） 小脳グリオーマ（ICD10：C71）：14症例（14検体） 大脳グリオーマ（ICD10：C71）：8症例（8検体） |
| 規模 | RNA-seq |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HiSeq 2000] |
| ライブラリソース | 初発時・再発時の腫瘍組織（または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織）および末梢血（非腫瘍組織）から抽出したRNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | TruSeq Stranded Total RNA Library Prep Kit |
| 断片化の方法 | アルカリ法 |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 100 bp |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000107（オリゴデンドログリオーマ） JGAD000113（小脳グリオーマ・大脳グリオーマ） |
| 総データ量 | 280 GB（fastq、bam） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
| 対象 |
オリゴデンドログリオーマ（ICD10：C71）：16症例（30検体） 小脳グリオーマ（ICD10：C71）：17症例（17検体） 視床グリオーマ（ICD10：C71）：14症例（14検体） |
| 規模 | メチル化アレイ |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | Illumina [HumanMethylation 450 BeadChip] |
| ソース | 初発時・再発時の腫瘍組織（または同じ腫瘍の別の部位の腫瘍組織）および末梢血（非腫瘍組織）から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| 調整試薬（キット名、バージョン） | Illumina HumanMethylation450 BeadChip kit |
| メチル化率決定アルゴリズム（ソフトウェア） | Genome Studio v2010.3 |
| フィルタリング | HumanMethylation450_15017482_v1.1 （bpm） |
| プローブ数(QC後) | 485577 methylation sites |
| Japanese Genotype-phenotype Archive Dataset ID |
JGAD000108（オリゴデンドログリオーマ） JGAD000114（小脳グリオーマ・視床グリオーマ） |
| 総データ量 | 149 MB（txt） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | NBDC policy |
提供者情報
研究代表者： 斉藤 延人
所 属 機 関： 東京大学 医学部 脳神経外科
プロジェクト/研究グループ名： 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム/がん臨床シーズ育成グループ
URL： http://p-direct.jfcr.or.jp/program/group02/team02.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） 次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム（P-DIRECT） |
分子プロファイリングによる新規標的同定を通じた難治がん治療法開発／ 悪性脳腫瘍克服のための新規治療標的及びバイオマーカーの創出 |
- |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | Mutational Analysis Reveals the Origin and Therapy-Driven Evolution of Recurrent Glioma | doi:10.1126/science.1239947 | JGAD000004 |
| 2 | Genetic and epigenetic stability of oligodendrogliomas at recurrence | doi: 10.1186/s40478-017-0422-z | JGAD000106-JGAD000108 |
| 3 | Distinct molecular profile of diffuse cerebellar gliomas | doi: 10.1007/s00401-017-1771-1 | JGAD000112-JGAD000114 |
制限公開データの利用者一覧
| 研究代表者 | 所属機関 | 利用データID | 利用期間 |
|---|---|---|---|
