データセット ID
NHA000210
- データの種類
- 重症COVID19感染者のGWAS集計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 272 MB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2026-08-13
- 更新日
- 2026-08-13
- Secondary ID
- hum0343.v5.covid19.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0343.v5.covid19.v1.zip | 272 MB | ||
| hum0343.v5.covid19.v1_ | Dictionary file | 421 B |
解析手法
Genome wide SNPs
- 材料と対象者
- 重症COVID-19感染者 （ICD-10：U071）：3,087症例
対照者：55,896名 - 健康状態混在
- 対象者数58,983 (人数)
- 疾患
- 重症COVID-19感染者 (U071)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Infinium Asian Screening Array Kit
- プラットフォーム
- Illumina Infinium Asian Screening Array
- QC・フィルタリング
- サンプルQC: 以下のサンプルを除外
(1) sample call rate < 0.98
(2) ePCA解析をもとにEast Asianから外れる
(3) 重複・双子
バリアントQC: 以下のバリアントを除外
(1) variant call rate < 0.99
(2) アレルカウント < 5
(3) Hardy-Weinberg平衡P値 < 1.0×10^-6
(4) 日本人referenceからアレル頻度が5%以上の乖離
in houseの日本人WGS (n=11,754) をreferenceとしimputationを実施した。Imputation INFO > 0.7、アレル頻度 > 0.005でfilteringし、年齢、性別、年齢×年齢、年齢×性別、PC1~10を共変量としてREGENIEを用いてゲノムワイド関連解析を行った。 - インピュテーション
- haplotype phasing: SHAPEIT4
imputation: Minimac4 - 解析方法
- genotyping: GenomeStudio
関連解析: REGENIE - バリアント数
- 8,993,355
- 加工データの種類
- インピュテーション済み遺伝子型データ
- 表現型データの有無
- あり