データセット ID

NHA000203

Name: NHA000203: 臨床形質およびメタボローム374形質に対するゲノムワイド遺伝子環境交互作用解析
Published: 2025-10-27

データの種類: 臨床形質およびメタボローム374形質に対するゲノムワイド遺伝子環境交互作用解析
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 1.2 TB
ファイル形式: TXT
XLSX
研究: hum0197
公開日: 2025-10-27
更新日: 2025-10-27
Secondary ID: hum0197.v26.374-traits.v1

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: バイオバンク・ジャパン（166,757名）、UKバイオバンク（273,453名）
（ICD 10：E11, I20, I21, I22, I23, I24, I25, I44, I45, I46, I47, I48, I49, E78, I60, I61, I62, I63, I64, H25, H26, H28, J45, J46, N20, N21, N22, J30.2）
形質数：374; 健康状態
混在
対象者数
440,210 (人数)
コホート
BioBank Japan、UK Biobank
対象集団
イギリス人、日本人
疾患: ２型＜インスリン非依存性＞糖尿病＜NIDDM＞ (E11, I20, I21, I22, I23, I24, I25, I44, I45, I46, I47, I48, I49, E78, I60, I61, I62, I63, I64, H25, H26, H28, J45, J46, N20, N21, N22, J302)
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
試料の入手元: N/A
実験方法: Genotyping by array
測定対象: N/A
試薬キット: HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
UK BiLEVE Axiom Array
UK Biobank Axiom Array
プラットフォーム: Applied Biosystems UK BiLEVE Axiom Array
Applied Biosystems UK Biobank Axiom Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
QC・フィルタリング: 臨床形質：: imputation quality > 0.7、minor allele frequency (MAF) > 0.01、autosomal variants
メタボローム：上記に加え (i) genotyped variants、 (ii) HapMap3 variants、 (iii) BBJまたはUKBBにおいて少なくとも1つの臨床形質についてP_G×E < 1.0×10^-7となる変異、に限定
インピュテーション: BBJ：Eagle、Minimac3
UK Biobank：IMPUTE4
解析方法: GEM
バリアント数: BBJ: 7,444,735 (臨床形質)
1,009,566 (メタボローム)
UK Biobank: 9,813,264 (臨床形質)
1,478,430 (メタボローム)
表現型データの有無: あり
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