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NBDC ヒトデータベース

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システムメンテナンスに伴い、以下の日程で、NBDCヒトデータベース申請システムならびにヒトデータ審査委員会による審査が停止いたします。
停止期間：2026年10月5日(月) 9:00 ～ 10月7日(水) 15:00
ご迷惑をおかけしますが、どうぞ宜しくお願いいたします。

現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

データセット ID

NHA000203

データの種類
臨床形質およびメタボローム374形質に対するゲノムワイド遺伝子環境交互作用解析
アクセス制限
非制限公開
総データ量
1.2 TB
ファイル形式
  • TXT
  • XLSX
研究
hum0197
公開日
2025-10-27
更新日
2025-10-27
Secondary ID
hum0197.v26.374-traits.v1

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UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Ever_drinking.txt.gz78.3 MB
UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Ever_smoking.txt.gz79.1 MB
UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Joint_all_environments.txt.gz179 MB
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UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Meat_and_cheese.txt.gz78.8 MB
UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Physical_activity.txt.gz78.8 MB
UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Sex.txt.gz78.5 MB
UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Tea_and_coffee.txt.gz77.6 MB
UKB1.metabolome.L_VLDL_TG_pct.Vegetable_and_fish.txt.gz79.0 MB
UKB1.metabolome.Lactate.Age.txt.gz78.4 MB
UKB1.metabolome.Lactate.Combined.txt.gz47.8 MB
UKB1.metabolome.Lactate.Current_smoking.txt.gz78.7 MB

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者
バイオバンク・ジャパン（166,757名）、UKバイオバンク（273,453名）
（ICD 10：E11, I20, I21, I22, I23, I24, I25, I44, I45, I46, I47, I48, I49, E78, I60, I61, I62, I63, I64, H25, H26, H28, J45, J46, N20, N21, N22, J30.2）
形質数：374
  • 健康状態
    混在
  • 対象者数
    440,210 (人数)
  • コホート
    BioBank Japan、UK Biobank
  • 対象集団
    イギリス人、日本人
疾患
２型＜インスリン非依存性＞糖尿病＜NIDDM＞ (E11, I20, I21, I22, I23, I24, I25, I44, I45, I46, I47, I48, I49, E78, I60, I61, I62, I63, I64, H25, H26, H28, J45, J46, N20, N21, N22, J302)
試料説明
末梢血から抽出したDNA
  • 組織
    末梢血
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    非腫瘍
試料の入手元
N/A
実験方法
Genotyping by array
測定対象
N/A
試薬キット
HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
UK BiLEVE Axiom Array
UK Biobank Axiom Array
プラットフォーム
Applied Biosystems UK BiLEVE Axiom Array
Applied Biosystems UK Biobank Axiom Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
QC・フィルタリング
臨床形質：: imputation quality > 0.7、minor allele frequency (MAF) > 0.01、autosomal variants
メタボローム：上記に加え (i) genotyped variants、 (ii) HapMap3 variants、 (iii) BBJまたはUKBBにおいて少なくとも1つの臨床形質についてP_G×E < 1.0×10^-7となる変異、に限定
インピュテーション
BBJ：Eagle、Minimac3
UK Biobank：IMPUTE4
解析方法
GEM
バリアント数
BBJ: 7,444,735 (臨床形質)
1,009,566 (メタボローム)
UK Biobank: 9,813,264 (臨床形質)
1,478,430 (メタボローム)
表現型データの有無
あり
利用ポリシー
NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)