データセット ID
NHA000200
- データの種類
- 血清ALT値、AST値、GGT値のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 532 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0496
- 公開日
- 2025-02-27
- 更新日
- 2025-02-27
- Secondary ID
- hum0496.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0496.v1.gwas.v1.zip | 532 MB | ||
| hum0496_ | Dictionary file | 9.5 KB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- ALT：15,224名（OBi-Ryukyu 8,440名、BBJ-Ryukyu 6,784名）
AST：15,203名（OBi-Ryukyu 8,406名、BBJ-Ryukyu 6,797名）
GGT：14,496名（OBi-Ryukyu 8,434名、BBJ-Ryukyu 6,062名） - 健康状態健常
- 対象者数15,224 (人数)
- コホートBioBank Japan、Okinawa Biobank
- 試料説明
- 末梢血または唾液から抽出したDNA
- 組織末梢血、唾液
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
Illumina Infinium Asian Screening Array - QC・フィルタリング
- SampleのQC：sample call rate ≧0.98
GenotypingのQC：SNP call rate ≧ 0.98、MAF ≧ 0.01、p-values for Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) test > 1×10−6
Imputation後のQC：MAF ≧ 0.005、Rsq ≧ 0.7 - インピュテーション
- minimac4
Imputation：reference 3,256 Japanese WGS from the BBJ and 2,504 individuals from the 1KGP (phase3v5) - バリアント数
- ALT: 9,224,376 variants
AST: 9,222,117 variants
GGT: 9,235,975 variants - 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
- 表現型データの有無
- あり