データセット ID
NHA000194
- データの種類
- 骨盤臓器脱と診断された女性のGWAS集計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 163 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0467
- 公開日
- 2024-10-02
- 更新日
- 2024-10-02
- Secondary ID
- hum0467.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0467.v1.gwas.v1.zip | 162 MB | ||
| hum0467_ | Dictionary file | 9.5 KB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- [GWAS-1]
POP（ICD10：N81）：BBJ_Hondo 418症例、対照：BBJ_Hondo 68,040名
[GWAS-2]
POP：POP_Hondo 128症例、対照：OBi_Hondo 387名
[GWAS-3]
POP：BBJ_Ryukyu 29症例、対照：BBJ_Ryukyu 5,852名
[GWAS-4]
POP：POP_Ryukyu 196症例、対照：OBi_Ryukyu 2,346名 - 健康状態混在
- 対象者数77,396 (人数)
- コホートBioBank Japan、Okinawa Biobank
- 対象集団本土、琉球
- 疾患
- POP (N81)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
Illumina Infinium Asian Screening Array - QC・フィルタリング
- SampleのQC： sample call rates ≧ 0.98
GenotypingのQC：SNP call rate ≧ 0.98 (OBi, POP) or 0.99 (BBJ) , MAF ≧ 0.01, p-values for Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) test ≧ 1×10⁻⁶
Imputation後のQC：MAF ≧ 0.005, Rsq ≧ 0.7 - インピュテーション
- minimac4
Imputation：reference 1KGP3+JEWEL_3K - バリアント数
- 9,862,117 variants