データセット ID

NHA000190

Name: NHA000190: 腸内微生物叢のGWAS、血中代謝物のGWAS、KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
Published: 2023-10-02

データの種類: 腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 320 GB
ファイル形式: TSV
DOCX
研究: hum0197
公開日: 2023-10-02
更新日: 2023-10-02
Secondary ID: hum0197.v18.gwas.v1

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表示件数

20 50 100

201–250 / 732 件

ファイル名	ラベル	サイズ
metabo_N_0061_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:3)-2	318 MB
metabo_N_0062_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:2)	319 MB
metabo_N_0063_QCed_sumstats.tsv.gz	エルカ酸	318 MB
metabo_N_0064_QCed_sumstats.tsv.gz	ベヘン酸	318 MB
metabo_N_0067_QCed_sumstats.tsv.gz	トリコサン酸-2	318 MB
metabo_N_0068_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(24:5)	319 MB
metabo_N_0069_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(24:4)	318 MB
metabo_N_0070_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(24:2)	319 MB
metabo_N_0071_QCed_sumstats.tsv.gz	ネルボン酸-1	318 MB
metabo_N_0072_QCed_sumstats.tsv.gz	ネルボン酸-2	318 MB
metabo_N_0073_QCed_sumstats.tsv.gz	デヒドロイソアンドロステロン3-硫酸塩-1	318 MB
metabo_N_0074_QCed_sumstats.tsv.gz	デヒドロイソアンドロステロン3-硫酸塩-2	318 MB
metabo_N_0076_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(24:0)-2	318 MB
metabo_N_0077_QCed_sumstats.tsv.gz	リトコール酸	318 MB
metabo_N_0080_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(25:0)-2	319 MB
metabo_N_0081_QCed_sumstats.tsv.gz	ヒオデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0082_QCed_sumstats.tsv.gz	ウルソデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0083_QCed_sumstats.tsv.gz	ケノデオキシコール酸	319 MB
metabo_N_0084_QCed_sumstats.tsv.gz	デオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0085_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(26:2)-1	318 MB
metabo_N_0086_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(26:2)-2	318 MB
metabo_N_0087_QCed_sumstats.tsv.gz	プレグネノロン硫酸塩	318 MB
metabo_N_0089_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(26:0)-2	318 MB
metabo_N_0090_QCed_sumstats.tsv.gz	コール酸	319 MB
metabo_N_0091_QCed_sumstats.tsv.gz	グリコリトコール酸	318 MB
metabo_N_0092_QCed_sumstats.tsv.gz	グリコデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0093_QCed_sumstats.tsv.gz	グリコウルソデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0094_QCed_sumstats.tsv.gz	グリコケノデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0095_QCed_sumstats.tsv.gz	ベツリン酸	319 MB
metabo_N_0096_QCed_sumstats.tsv.gz	グリココール酸	318 MB
metabo_N_0099_QCed_sumstats.tsv.gz	コレステロール硫酸塩	318 MB
metabo_N_0105_QCed_sumstats.tsv.gz	タウロウルソデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0106_QCed_sumstats.tsv.gz	タウロデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0107_QCed_sumstats.tsv.gz	タウロケノデオキシコール酸	318 MB
metabo_N_0108_QCed_sumstats.tsv.gz	タウロコール酸	318 MB
metabo_P_0002_QCed_sumstats.tsv.gz	インドール-3-カルボアルデヒド-2	318 MB
metabo_P_0012_QCed_sumstats.tsv.gz	レチノール-1	318 MB
metabo_P_0013_QCed_sumstats.tsv.gz	レチノール-2	318 MB
metabo_P_0015_QCed_sumstats.tsv.gz	β-エストラジオール	318 MB
metabo_P_0017_QCed_sumstats.tsv.gz	アンドロステロン-2	318 MB
metabo_P_0020_QCed_sumstats.tsv.gz	4-アンドロステン-3,17-ジオン-2	319 MB
metabo_P_0022_QCed_sumstats.tsv.gz	テストステロン-2	318 MB
metabo_P_0024_QCed_sumstats.tsv.gz	テストステロン-4	318 MB
metabo_P_0027_QCed_sumstats.tsv.gz	パルミトイルエタノールアミド-1	318 MB
metabo_P_0029_QCed_sumstats.tsv.gz	スフィンゴシン	318 MB
metabo_P_0031_QCed_sumstats.tsv.gz	スフィンガニン	318 MB
metabo_P_0036_QCed_sumstats.tsv.gz	11β-ヒドロキシアンドロスタ-4-エン-3,17-ジオン-3	318 MB
metabo_P_0038_QCed_sumstats.tsv.gz	アビエチン酸-2	318 MB
metabo_P_0048_QCed_sumstats.tsv.gz	アシルカルニチン(10:0)	318 MB
metabo_P_0054_QCed_sumstats.tsv.gz	リノレイルエタノールアミド	318 MB

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）; 対象者数
524 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
実験方法: Genotyping by array
WGS
試薬キット: Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: ・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション: ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法: ・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数: 腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類: GWAS 要約統計量
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)