データセット ID

NHA000190

Name: NHA000190: 腸内微生物叢のGWAS、血中代謝物のGWAS、KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
Published: 2023-10-02

データの種類: 腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 320 GB
ファイル形式: TSV
DOCX
研究: hum0197
公開日: 2023-10-02
更新日: 2023-10-02
Secondary ID: hum0197.v18.gwas.v1

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表示件数

20 50 100

51–100 / 732 件

ファイル名	ラベル	サイズ
metabo_A_0089_QCed_sumstats.tsv.gz	ミリストレイン酸	319 MB
metabo_A_0090_QCed_sumstats.tsv.gz	XA0027	319 MB
metabo_A_0100_QCed_sumstats.tsv.gz	グルコース6-リン酸	319 MB
metabo_A_0101_QCed_sumstats.tsv.gz	スルホチロシン	318 MB
metabo_A_0102_QCed_sumstats.tsv.gz	N2-フェニルアセチルグルタミン	318 MB
metabo_A_0103_QCed_sumstats.tsv.gz	2,3-ジホスホグリセリン酸	318 MB
metabo_A_0125_QCed_sumstats.tsv.gz	アデノシン二リン酸	318 MB
metabo_A_0134_QCed_sumstats.tsv.gz	アデノシン三リン酸	319 MB
metabo_C_0002_QCed_sumstats.tsv.gz	尿素	319 MB
metabo_C_0003_QCed_sumstats.tsv.gz	エタノールアミン	318 MB
metabo_C_0005_QCed_sumstats.tsv.gz	グリシン	318 MB
metabo_C_0007_QCed_sumstats.tsv.gz	トリメチルアミンN-オキシド	318 MB
metabo_C_0008_QCed_sumstats.tsv.gz	ピペリジン	318 MB
metabo_C_0010_QCed_sumstats.tsv.gz	サルコシン	319 MB
metabo_C_0011_QCed_sumstats.tsv.gz	β-アラニン	318 MB
metabo_C_0012_QCed_sumstats.tsv.gz	アラニン	318 MB
metabo_C_0013_QCed_sumstats.tsv.gz	グリセロール	318 MB
metabo_C_0016_QCed_sumstats.tsv.gz	N-メチルプトレシン	318 MB
metabo_C_0018_QCed_sumstats.tsv.gz	N,N-ジメチルグリシン	318 MB
metabo_C_0019_QCed_sumstats.tsv.gz	2-アミノイソ酪酸・2-アミノ酪酸	318 MB
metabo_C_0020_QCed_sumstats.tsv.gz	3-アミノイソ酪酸	319 MB
metabo_C_0022_QCed_sumstats.tsv.gz	コリン	318 MB
metabo_C_0023_QCed_sumstats.tsv.gz	セリン	318 MB
metabo_C_0024_QCed_sumstats.tsv.gz	ジエタノールアミン	318 MB
metabo_C_0025_QCed_sumstats.tsv.gz	ヒポタウリン	318 MB
metabo_C_0028_QCed_sumstats.tsv.gz	クレアチニン	319 MB
metabo_C_0030_QCed_sumstats.tsv.gz	プロリン	319 MB
metabo_C_0031_QCed_sumstats.tsv.gz	グアニジノ酢酸	318 MB
metabo_C_0032_QCed_sumstats.tsv.gz	ベタイン	318 MB
metabo_C_0033_QCed_sumstats.tsv.gz	バリン	318 MB
metabo_C_0034_QCed_sumstats.tsv.gz	スレオニン	318 MB
metabo_C_0039_QCed_sumstats.tsv.gz	ニコチンアミド	318 MB
metabo_C_0042_QCed_sumstats.tsv.gz	タウリン	318 MB
metabo_C_0044_QCed_sumstats.tsv.gz	XC0016	318 MB
metabo_C_0046_QCed_sumstats.tsv.gz	ピペコリン酸	318 MB
metabo_C_0047_QCed_sumstats.tsv.gz	N-アセチルプトレシン	318 MB
metabo_C_0048_QCed_sumstats.tsv.gz	cis-4-ヒドロキシプロリン	318 MB
metabo_C_0049_QCed_sumstats.tsv.gz	ヒドロキシプロリン	318 MB
metabo_C_0051_QCed_sumstats.tsv.gz	クレアチン	318 MB
metabo_C_0053_QCed_sumstats.tsv.gz	アロイソロイシン	319 MB
metabo_C_0054_QCed_sumstats.tsv.gz	イソロイシン	318 MB
metabo_C_0055_QCed_sumstats.tsv.gz	ロイシン	318 MB
metabo_C_0056_QCed_sumstats.tsv.gz	アスパラギン	318 MB
metabo_C_0057_QCed_sumstats.tsv.gz	オルニチン	318 MB
metabo_C_0058_QCed_sumstats.tsv.gz	チアプロリン	318 MB
metabo_C_0059_QCed_sumstats.tsv.gz	アスパラギン酸	318 MB
metabo_C_0061_QCed_sumstats.tsv.gz	S-メチルシステイン	318 MB
metabo_C_0063_QCed_sumstats.tsv.gz	ヒポキサンチン	318 MB
metabo_C_0064_QCed_sumstats.tsv.gz	1-メチルニコチンアミド	318 MB
metabo_C_0066_QCed_sumstats.tsv.gz	トリゴネリン	318 MB

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）; 対象者数
524 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
実験方法: Genotyping by array
WGS
試薬キット: Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: ・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション: ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法: ・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数: 腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類: GWAS 要約統計量
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)