データセット ID

NHA000190

Name: NHA000190: 腸内微生物叢のGWAS、血中代謝物のGWAS、KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
Published: 2023-10-02

データの種類: 腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 320 GB
ファイル形式: TSV
DOCX
研究: hum0197
公開日: 2023-10-02
更新日: 2023-10-02
Secondary ID: hum0197.v18.gwas.v1

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表示件数

20 50 100

701–732 / 732 件

ファイル名	ラベル	サイズ
microbiome_L7_species_Streptococcus_parasanguinis_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_parasanguinis	526 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_pasteurianus_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_pasteurianus	526 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_pneumoniae_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_pneumoniae	525 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_pseudopneumoniae_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_pseudopneumoniae	526 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_pyogenes_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_pyogenes	525 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_salivarius_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_salivarius	525 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_sanguinis_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_sanguinis	525 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_sobrinus_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_sobrinus	525 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_sp	522 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_suis_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_suis	524 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_thermophilus_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_thermophilus	526 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_timonensis_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_timonensis	525 MB
microbiome_L7_species_Streptococcus_vestibularis_QCed_sumstats.tsv.gz	Streptococcus_vestibularis	526 MB
microbiome_L7_species_Subdoligranulum_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Subdoligranulum_sp	524 MB
microbiome_L7_species_Subdoligranulum_variabile_QCed_sumstats.tsv.gz	Subdoligranulum_variabile	526 MB
microbiome_L7_species_Sutterella_parvirubra_QCed_sumstats.tsv.gz	Sutterella_parvirubra	525 MB
microbiome_L7_species_Sutterella_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Sutterella_sp	521 MB
microbiome_L7_species_Sutterella_wadsworthensis_QCed_sumstats.tsv.gz	Sutterella_wadsworthensis	526 MB
microbiome_L7_species_Tannerella_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Tannerella_sp	521 MB
microbiome_L7_species_Terrisporobacter_glycolicus_QCed_sumstats.tsv.gz	Terrisporobacter_glycolicus	526 MB
microbiome_L7_species_Turicibacter_sanguinis_QCed_sumstats.tsv.gz	Turicibacter_sanguinis	525 MB
microbiome_L7_species_Turicibacter_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Turicibacter_sp	522 MB
microbiome_L7_species_Tyzzerella_nexilis_QCed_sumstats.tsv.gz	Tyzzerella_nexilis	524 MB
microbiome_L7_species_Veillonella_atypica_QCed_sumstats.tsv.gz	Veillonella_atypica	525 MB
microbiome_L7_species_Veillonella_dispar_QCed_sumstats.tsv.gz	Veillonella_dispar	524 MB
microbiome_L7_species_Veillonella_parvula_QCed_sumstats.tsv.gz	Veillonella_parvula	524 MB
microbiome_L7_species_Veillonella_seminalis_QCed_sumstats.tsv.gz	Veillonella_seminalis	525 MB
microbiome_L7_species_Veillonella_sp_QCed_sumstats.tsv.gz	Veillonella_sp	522 MB
microbiome_L7_species_Weissella_cibaria_QCed_sumstats.tsv.gz	Weissella_cibaria	523 MB
microbiome_L7_species_Weissella_confusa_QCed_sumstats.tsv.gz	Weissella_confusa	523 MB
microbiome_L7_species_bacterium_LF_3_QCed_sumstats.tsv.gz	bacterium_LF_3	522 MB
microbiome_L7_species_butyrate_producing_bacterium_QCed_sumstats.tsv.gz	butyrate_producing_bacterium	526 MB

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）; 対象者数
524 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
実験方法: Genotyping by array
WGS
試薬キット: Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: ・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション: ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法: ・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数: 腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類: GWAS 要約統計量
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)