データセット ID

NHA000190

Name: NHA000190: 腸内微生物叢のGWAS、血中代謝物のGWAS、KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
Published: 2023-10-02

データの種類: 腸内微生物叢のGWAS
血中代謝物のGWAS
KEGG Gene OrthologおよびKEGG PathwayのGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 320 GB
ファイル形式: TSV
DOCX
研究: hum0197
公開日: 2023-10-02
更新日: 2023-10-02
Secondary ID: hum0197.v18.gwas.v1

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101–200 / 732 件

ファイル名	ラベル	サイズ
metabo_C_0068_QCed_sumstats.tsv.gz	ウロカニン酸	318 MB
metabo_C_0070_QCed_sumstats.tsv.gz	1-メチル-4-イミダゾール酢酸	319 MB
metabo_C_0072_QCed_sumstats.tsv.gz	XC0029	319 MB
metabo_C_0073_QCed_sumstats.tsv.gz	スタキドリン	318 MB
metabo_C_0074_QCed_sumstats.tsv.gz	γ-ブチロベタイン	318 MB
metabo_C_0076_QCed_sumstats.tsv.gz	グルタミン	318 MB
metabo_C_0077_QCed_sumstats.tsv.gz	リシン	318 MB
metabo_C_0078_QCed_sumstats.tsv.gz	N-アセチルセリン	318 MB
metabo_C_0079_QCed_sumstats.tsv.gz	グルタミン酸	318 MB
metabo_C_0080_QCed_sumstats.tsv.gz	メチオニン	319 MB
metabo_C_0081_QCed_sumstats.tsv.gz	トリエタノールアミン	318 MB
metabo_C_0086_QCed_sumstats.tsv.gz	ヒスチジン	318 MB
metabo_C_0087_QCed_sumstats.tsv.gz	イミダゾール乳酸	318 MB
metabo_C_0091_QCed_sumstats.tsv.gz	N6-メチルリシン	319 MB
metabo_C_0092_QCed_sumstats.tsv.gz	O-アセチルホモセリン・2-アミノアジピン酸	318 MB
metabo_C_0093_QCed_sumstats.tsv.gz	カルニチン	318 MB
metabo_C_0094_QCed_sumstats.tsv.gz	5-ヒドロキシリシン	318 MB
metabo_C_0095_QCed_sumstats.tsv.gz	S-メチルメチオニン	318 MB
metabo_C_0096_QCed_sumstats.tsv.gz	メチオニンスルホキシド	318 MB
metabo_C_0097_QCed_sumstats.tsv.gz	フェニルアラニン	318 MB
metabo_C_0100_QCed_sumstats.tsv.gz	1-メチルヒスチジン・3-メチルヒスチジン	319 MB
metabo_C_0103_QCed_sumstats.tsv.gz	アルギニン	318 MB
metabo_C_0105_QCed_sumstats.tsv.gz	グアニジノコハク酸	318 MB
metabo_C_0106_QCed_sumstats.tsv.gz	シトルリン	318 MB
metabo_C_0107_QCed_sumstats.tsv.gz	セロトニン	318 MB
metabo_C_0108_QCed_sumstats.tsv.gz	アリイン	318 MB
metabo_C_0109_QCed_sumstats.tsv.gz	グルコノラクトン	318 MB
metabo_C_0111_QCed_sumstats.tsv.gz	マンノサミン	318 MB
metabo_C_0112_QCed_sumstats.tsv.gz	ガラクトサミン・グルコサミン	319 MB
metabo_C_0114_QCed_sumstats.tsv.gz	テオブロミン	318 MB
metabo_C_0115_QCed_sumstats.tsv.gz	パラキサンチン	318 MB
metabo_C_0116_QCed_sumstats.tsv.gz	チロシン	319 MB
metabo_C_0117_QCed_sumstats.tsv.gz	ホスホリルコリン	318 MB
metabo_C_0119_QCed_sumstats.tsv.gz	N6-アセチルリシン	318 MB
metabo_C_0121_QCed_sumstats.tsv.gz	Nω-メチルアルギニン	319 MB
metabo_C_0122_QCed_sumstats.tsv.gz	ホモアルギニン	318 MB
metabo_C_0123_QCed_sumstats.tsv.gz	ホモシトルリン	318 MB
metabo_C_0124_QCed_sumstats.tsv.gz	グリシルアスパラギン酸	318 MB
metabo_C_0126_QCed_sumstats.tsv.gz	カフェイン	318 MB
metabo_C_0129_QCed_sumstats.tsv.gz	11-アミノウンデカン酸	318 MB
metabo_C_0130_QCed_sumstats.tsv.gz	非対称性ジメチルアルギニン	319 MB
metabo_C_0131_QCed_sumstats.tsv.gz	対称性ジメチルアルギニン	318 MB
metabo_C_0133_QCed_sumstats.tsv.gz	O-アセチルカルニチン	318 MB
metabo_C_0134_QCed_sumstats.tsv.gz	トリプトファン	318 MB
metabo_C_0136_QCed_sumstats.tsv.gz	キヌレニン	319 MB
metabo_C_0137_QCed_sumstats.tsv.gz	3-メトキシチロシン	319 MB
metabo_C_0138_QCed_sumstats.tsv.gz	XC0061	318 MB
metabo_C_0141_QCed_sumstats.tsv.gz	XC0065	318 MB
metabo_C_0142_QCed_sumstats.tsv.gz	N-アセチルガラクトサミン・N-アセチルマンノサミン・N-アセチルグルコサミン	318 MB
metabo_C_0143_QCed_sumstats.tsv.gz	シスタチオニン	318 MB
metabo_C_0146_QCed_sumstats.tsv.gz	イソブチリルカルニチン	319 MB
metabo_C_0147_QCed_sumstats.tsv.gz	ブチリルカルニチン	319 MB
metabo_C_0148_QCed_sumstats.tsv.gz	シスチン	318 MB
metabo_C_0153_QCed_sumstats.tsv.gz	ウリジン	318 MB
metabo_C_0158_QCed_sumstats.tsv.gz	ダイフィリン	318 MB
metabo_C_0165_QCed_sumstats.tsv.gz	1-メチルアデノシン	318 MB
metabo_C_0167_QCed_sumstats.tsv.gz	オクタノイルカルニチン	318 MB
metabo_C_0168_QCed_sumstats.tsv.gz	アルギニノコハク酸	318 MB
metabo_C_0169_QCed_sumstats.tsv.gz	XC0120	318 MB
metabo_C_0170_QCed_sumstats.tsv.gz	グルタチオン	319 MB
metabo_C_0172_QCed_sumstats.tsv.gz	XC0132	318 MB
metabo_C_0174_QCed_sumstats.tsv.gz	システイングルタチオンジスルフィド	318 MB
metabo_N_0002_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(12:0)	318 MB
metabo_N_0005_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(14:3)	318 MB
metabo_N_0006_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(14:2)	318 MB
metabo_N_0007_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(14:1)-1	318 MB
metabo_N_0008_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(14:1)-2	319 MB
metabo_N_0009_QCed_sumstats.tsv.gz	ミリスチン酸	319 MB
metabo_N_0012_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(15:0)	318 MB
metabo_N_0013_QCed_sumstats.tsv.gz	ペンタデカン酸	318 MB
metabo_N_0014_QCed_sumstats.tsv.gz	3-ヒドロキシテトラデカン酸	319 MB
metabo_N_0017_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(16:2)-2	318 MB
metabo_N_0020_QCed_sumstats.tsv.gz	パルミトレイン酸	319 MB
metabo_N_0021_QCed_sumstats.tsv.gz	パルミチン酸	319 MB
metabo_N_0024_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(17:1)-2	319 MB
metabo_N_0027_QCed_sumstats.tsv.gz	ヘプタデカン酸-1・脂肪酸(17:0)-1	319 MB
metabo_N_0028_QCed_sumstats.tsv.gz	ヘプタデカン酸-2・脂肪酸(17:0)-2	319 MB
metabo_N_0030_QCed_sumstats.tsv.gz	ステアリドン酸	319 MB
metabo_N_0031_QCed_sumstats.tsv.gz	リノレン酸	319 MB
metabo_N_0032_QCed_sumstats.tsv.gz	リノール酸	319 MB
metabo_N_0033_QCed_sumstats.tsv.gz	オレイン酸	319 MB
metabo_N_0034_QCed_sumstats.tsv.gz	ステアリン酸	319 MB
metabo_N_0037_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(19:2)	318 MB
metabo_N_0038_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(19:1)	319 MB
metabo_N_0040_QCed_sumstats.tsv.gz	リシノール酸-2	319 MB
metabo_N_0041_QCed_sumstats.tsv.gz	リシノール酸-3	319 MB
metabo_N_0045_QCed_sumstats.tsv.gz	cis-5,8,11,14,17-エイコサペンタエン酸	318 MB
metabo_N_0046_QCed_sumstats.tsv.gz	アラキドン酸	318 MB
metabo_N_0047_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(20:3)	319 MB
metabo_N_0048_QCed_sumstats.tsv.gz	エイコサトリエン酸	319 MB
metabo_N_0049_QCed_sumstats.tsv.gz	エイコサジエン酸	318 MB
metabo_N_0050_QCed_sumstats.tsv.gz	エイコセン酸	319 MB
metabo_N_0051_QCed_sumstats.tsv.gz	アラキジン酸	318 MB
metabo_N_0053_QCed_sumstats.tsv.gz	cis-4,7,10,13,16,19-ドコサヘキサエン酸	318 MB
metabo_N_0055_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:5)-1	318 MB
metabo_N_0056_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:5)-2	319 MB
metabo_N_0057_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:5)-3	319 MB
metabo_N_0058_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:4)-1	319 MB
metabo_N_0059_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:4)-2	319 MB
metabo_N_0060_QCed_sumstats.tsv.gz	脂肪酸(22:3)-1	319 MB

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解析手法

genome wide SNPs

材料と対象者: 日本人集団：524名（423種の微生物）
日本人集団：362名（306種の代謝物）
日本人集団：524名（KEGG Gene OrthologおよびKEGG Pathway）; 対象者数
524 (人数)
対象集団
日本人
試料説明: 末梢血から抽出したDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
非腫瘍
実験方法: Genotyping by array
WGS
試薬キット: Infinium Asian Screening Array Kit
KAPA Hyper Prep Kit
TruSeq DNA PCR-Free Library Prep Kit
プラットフォーム: Illumina HiSeq 2500
Illumina HiSeq 3000
Illumina HiSeq X
Illumina Infinium Asian Screening Array
Illumina NovaSeq 6000
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: ・SNP array data：
サンプル QC：We excluded individuals with low genotyping call rates (call rate < 98%). We included individuals of the estimated Asian ancestry using PCA.
バリアント QC：We excluded variants with (1) genotyping call rate < 99%, (2) minor allele count < 5, (3) P-value for Hardy-Weinberg equilibrium < 1.0 × 10^−10, and (4) > 5% allele frequency difference compared with the imputation reference panel or the allele frequency panel of Tohoku Medical Megabank Project.
インピュテーション後のQC：We excluded imputed variants with Rsq < 0.7 and minor allele frequency < 1%.
・WGS：
We excluded variants with genotype call rate <90%, ExcessHet > 60, Hardy-Weinberg P<1.0×10−10
After imputation with Beagle v5.1, we excluded imputed variants with minor allele frequency < 1%.
インピュテーション: ハプロタイプフェージング: shapeit4
インピュテーション: minimac4
解析方法: ・SNP array:
遺伝子型決定: GenomeStudio
・WGS:
WA-MEM v0.7.13、GATK v3.8-0
PLINK2
バリアント数: 腸内微生物叢/KEGG (SNP array): 7,213,470 variants
血中代謝物 (WGS): 6,840,258 variants
加工データの種類: GWAS 要約統計量
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)