データセット ID
NHA000184
- データの種類
- 心房細動患者9,826症例および対照者140,446名のGWAS（BBJ）
心房細動患者77,690症例および対照者1,167,040名のGWASメタ解析（BBJ、欧米人、FinnGen） - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 547 MB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2023-04-05
- 更新日
- 2023-04-05
- Secondary ID
- hum0014.v29.AF.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v29.AF.v1.zip | 547 MB | ||
| hum0014.v29_ | Dictionary file | 3.1 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 心房細動（ICD10：I48）：77,690症例、対照者：1,167,040名
BBJ：心房細動：9,826症例、対照者：140,446名
欧米人：心房細動：60,620症例、対照者：970,216名
FinnGen：心房細動：7,244症例、対照者：56,378名 - 健康状態混在
- 対象者数1,244,730 (人数)
- 対象集団ヨーロッパ人、フィンランド人、日本人
- 疾患
- 心房細動 (I48)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
欧米GWAS：http://csg.sph.umich.edu/willer/public/afib2018
FinnGen GWAS：https://www.finngen.fi/en - 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - QC・フィルタリング
- BBJ GWAS：imputation quality（Rsq） < 0.3 または MAF < 0.001 を除外
メタ解析GWAS：MAF < 1% を除外 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- BBJ GWAS: 16,817,144 SNPs
メタ解析GWAS: 5,158,449 SNPs - 加工データの種類
- GWAS 要約統計量
ポリジェニックリスクスコア