データセット ID
NHA000169
- データの種類
- COVID19感染者のGWAS集計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.4 GB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0343
- 公開日
- 2022-05-26
- 更新日
- 2022-05-26
- Secondary ID
- hum0343.v1.covid19.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| gwas-1.zip | GWAS-1 | 370 MB | |
| gwas-2.zip | GWAS-2 | 362 MB | |
| gwas-3.zip | GWAS-3 | 363 MB | |
| gwas-4.zip | GWAS-4 | 350 MB | |
| hum0343.v1.covid19.v1_ | Dictionary file | 9.8 KB |
解析手法
Genome wide SNPs
- 材料と対象者
- [GWAS-1]
COVID-19感染者 （ICD-10：U071）：2,393症例、対照者：3,289名
[GWAS-2]
[GWAS-1]のCOVID-19感染者の内、重症者：990症例、対照者：3,289名
[GWAS-3]
[GWAS-1] の対象者の内65歳未満の者（COVID-19感染者：1,484症例、対照者：2,377名）
[GWAS-4]
[GWAS-3]の65歳未満のCOVID19感染者の内、重症者：440症例、対照者：2,377名 - 健康状態混在
- 対象者数5682 (人数)
- 疾患
- COVID-19感染者 (U071)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 実験方法
- Genotyping by array
- 試薬キット
- Infinium Asian Screening Array Kit
- プラットフォーム
- Illumina Infinium Asian Screening Array
- QC・フィルタリング
- SampleのQC： We excluded samples with
(1) sample call rate < 0.97
(2) excess heterozygosity of genotypes > mean + 3SD
(3) related samples with PI_HAT > 0.175
(4) outlier samples from East Asian clusters in principal component analysis with 1000 Genomes Project samples.
GenotypingのQC： We excluded variants with
(1) variant call rate < 0.99
(2) significant call rate differences between cases and controls with P < 5.0×10-8
(3) deviation from Hardy-Weinberg equilibrium with P < 1.0×10-6
(4) minor allele count < 5
Imputation後のQC： MAF ≥ 0.1% and imputation score (Rsq) > 0.5 - インピュテーション
- haplotype phasing: SHAPEIT4 (autosome) 、SHAPEIT2 (X-chromosome)
imputation: Minimac4 - 解析方法
- genotyping: GenomeStudio
関連解析: PLINK2 - バリアント数
- 13,484,569 バリアント ([GWAS-1])
13,199,053 バリアント ([GWAS-2])
13,241,602 バリアント ([GWAS-3])
12,764,136 バリアント ([GWAS-4]) - 加工データの種類
- インピュテーション済み遺伝子型データ
- 表現型データの有無
- あり