データセット ID
NHA000162
- データの種類
- 215形質のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 567 GB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2021-03-22
- 更新日
- 2021-03-22
- Secondary ID
- hum0197.v3.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0197.v3.META.sCr.v1.zip | カテゴリー: 腎機能 / 形質名: 血清クレアチニン / 略称: sCr | 430 MB |
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解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
- バイオバンク・ジャパン（179,000名）、UKバイオバンク（361,000名）、FinnGen（136,000名）
形質数：220 - 健康状態混在
- 対象者数676,000 (人数)
- コホートBioBank Japan、FinnGen、UK Biobank
- 対象集団イギリス人、フィンランド人、日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- FinnGen1 ThermoFisher Array
HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
UK BiLEVE Axiom Array
UK Biobank Axiom Array - プラットフォーム
- Applied Biosystems UK BiLEVE Axiom Array
Applied Biosystems UK Biobank Axiom Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
Thermo Fisher Scientific FinnGen1 ThermoFisher Array - QC・フィルタリング
- BBJ：We included imputed variants with Rsq > 0.7.
UK Biobank：We excluded the variants with (i) INFO score ≤ 0.8, (ii) MAF ≤ 0.0001 (except for missense and protein-truncating variants annotated by VEP, which were excluded if MAF ≤ 1 × 10-6), and (iii) PHWE ≤ 1 × 10-10.
FinnGen：We excluded variants with an imputation INFO score < 0.8 or MAF < 0.0001. - インピュテーション
- BBJ：Eagle、Minimac3
UK Biobank：IMPUTE4
FinnGen：beagle4.1 - 解析方法
- For binary traits, SAIGE software was used with age, age2, sex, age×sex, age2×sex, and top 20 principal components as covariates. For quantitative traits (biomarkers), BOLT-LMM or plink software was used with the same covariates.
- バリアント数
- BBJ: 13,530,797 variants
UK Biobank: 13,791,467 variants
FinnGen: 16,859,359 variants - 表現型データの有無
- あり