データセット ID
NHA000162
- データの種類
- 215形質のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 567 GB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0197
- 公開日
- 2021-03-22
- 更新日
- 2021-03-22
- Secondary ID
- hum0197.v3.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Dictfile_ | Dictionary file (BBJ) | 30.6 KB | |
| Dictfile_ | Dictionary file (EUR) | 34.5 KB | |
| Dictfile_ | Dictionary file (META) | 31.6 KB | |
| hum0197.v3.BBJ.A02B.v1.zip | ATC分類: A02B / 説明: 消化性潰瘍と胃食道逆流用薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.A10.v1.zip | ATC分類: A10 / 説明: 糖尿病用薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AA.v1.zip | 疾患名: 大動脈瘤 / 略称: Aortic aneurysm / ICD10: I71.1/I71.2/I71.3/I71.4/I71.5/ I71.6/I71.8/I71.9 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AC.v1.zip | 疾患名: アレルギー性結膜炎 / 略称: Allergic_Conjunctivitis / ICD10: H10.1 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AD.v1.zip | 疾患名: アトピー性皮膚炎 / 略称: AD / ICD10: L20 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AF.v1.zip | 疾患名: 不整脈(心房粗細動) / 略称: Atrial_Flutter / ICD10: I48 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AG.v1.zip | 疾患名: 急性糸球体腎炎 / 略称: Acute_Glomerulonephritis / ICD10: N00 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AIH.v1.zip | 疾患名: 自己免疫性肝炎 / 略称: AIH / ICD10: K75.4 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.ALP.v1.zip | カテゴリー: 肝機能 / 形質名: アルカリフォスファターゼ / 略称: ALP | 592 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.ALT.v1.zip | カテゴリー: 肝機能 / 形質名: アラニンアミノ基転移酵素 / 略称: ALT | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.AP.v1.zip | 疾患名: 急性膵炎 / 略称: Acute_Pancreatitis / ICD10: K85 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AR.v1.zip | 疾患名: アレルギー性鼻炎 / 略称: Allergic_Rhinitis / ICD10: J30 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.ARF.v1.zip | 疾患名: 急性腎不全 / 略称: Acute_Renal_Failure / ICD10: N17 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.AST.v1.zip | カテゴリー: 肝機能 / 形質名: アスパラギン酸アミノ基転移酵素 / 略称: AST | 592 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.ATR.v1.zip | 疾患名: アキレス腱断裂 / 略称: Achilles_tendon_rupture / ICD10: S86.0 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Abo.v1.zip | 疾患名: 流産 / 略称: Abortion / ICD10: O03 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Alb.v1.zip | カテゴリー: 血清蛋白質 / 形質名: アルブミン / 略称: Alb | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.Ang.v1.zip | 疾患名: 狭心症 / 略称: Angina / ICD10: I20 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.ApA.v1.zip | 疾患名: 再生不良性貧血 / 略称: Aplastic_Anemia / ICD10: D60 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.As.v1.zip | 疾患名: 気管支喘息 / 略称: Asthma / ICD10: J45 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.B01A.v1.zip | ATC分類: B01A / 説明: 抗血栓薬 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.BAS.v1.zip | カテゴリー: 血球数 / 形質名: 好塩基球数 / 略称: BAS | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.BC.v1.zip | 疾患名: 乳癌 / 略称: BrC / ICD10: C50 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.BD.v1.zip | 疾患名: ベーチェット病 / 略称: Behcet_disease / ICD10: M35.2 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.BMI.v1.zip | カテゴリー: 計測データ / 形質名: BMI / 略称: BMI | 592 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.BP.v1.zip | 疾患名: 腰痛 / 略称: Back_pain / ICD10: M54.5 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.BT.v1.zip | 疾患名: 脳腫瘍 / 略称: BT / ICD10: C71 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.BUN.v1.zip | カテゴリー: 腎機能 / 形質名: 尿素窒素 / 略称: BUN | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.BW.v1.zip | カテゴリー: 計測データ / 形質名: 体重 / 略称: BW | 592 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.Br.v1.zip | 疾患名: 気管支炎 / 略称: Bronchitis / ICD10: J20 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Bro.v1.zip | 疾患名: 気管支拡張症 / 略称: Bronchiectasis / ICD10: J47 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.BtC.v1.zip | 疾患名: 胆嚢・胆管癌 / 略称: BtC / ICD10: C22.1/C23 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C01D.v1.zip | ATC分類: C01D / 説明: 心疾患用血管拡張薬 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C02.v1.zip | ATC分類: C02 / 説明: 降圧薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C03.v1.zip | ATC分類: C03 / 説明: 利尿薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C07.v1.zip | ATC分類: C07 / 説明: ベータ遮断薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C08.v1.zip | ATC分類: C08 / 説明: カルシウムチャネル遮断薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C09.v1.zip | ATC分類: C09 / 説明: レニン・アンジオテンシン系作用薬 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.C10AA.v1.zip | ATC分類: C10AA / 説明: HMG-CoA 還元酵素阻害薬 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CA_ | 疾患名: 非破裂性脳動脈瘤 / 略称: CeAn_Unruptured / ICD10: I67.1 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CB.v1.zip | 疾患名: 慢性気管支炎 / 略称: Chronic_bronchitis / ICD10: J41 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CC.v1.zip | 疾患名: 大腸癌 / 略称: CRC / ICD10: C18 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CD.v1.zip | 疾患名: 接触性皮膚炎 / 略称: Contact_dermatitis / ICD10: L23 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CF.v1.zip | 疾患名: 圧迫骨折 / 略称: Compression_Fracture / ICD10: S32.0 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CG.v1.zip | 疾患名: 慢性胃炎 / 略称: Chronic_gastritis / ICD10: K29.4 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CHB.v1.zip | 疾患名: B型肝炎 / 略称: CHB / ICD10: B18.0/B18.1 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CHC.v1.zip | 疾患名: C型肝炎 / 略称: CHC / ICD10: B18.2 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CHF.v1.zip | 疾患名: 心不全 / 略称: CHF / ICD10: I50.0 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CL.v1.zip | 疾患名: 胆石 / 略称: Cholelithiasis / ICD10: K80 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.COPD.v1.zip | 疾患名: 慢性閉塞性肺疾患(COPD) / 略称: COPD / ICD10: J44 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CP.v1.zip | 疾患名: 大腸ポリープ / 略称: Colon_polyp / ICD10: K63.5 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CRF.v1.zip | 疾患名: 慢性腎不全 / 略称: Chronic_Renal_Failure / ICD10: N18 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CRP.v1.zip | カテゴリー: 炎症 / 形質名: C反応性蛋白 / 略称: CRP | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.CS.v1.zip | 疾患名: 帝王切開 / 略称: C_sec / ICD10: O82 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CSOM.v1.zip | 疾患名: 慢性中耳炎 / 略称: CSOM / ICD10: H66.1/H66.2 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CTS.v1.zip | 疾患名: 手根管症候群 / 略称: Carpal_Tunnel_Syndrome / ICD10: G56.0 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CVD.v1.zip | 疾患名: 弁膜症 / 略称: Cardiac_Valvular_Disease / ICD10: I34/I35 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Ca.v1.zip | カテゴリー: 電解質 / 形質名: カルシウム / 略称: Ca | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.Car.v1.zip | 疾患名: 心肥大 / 略称: Cardiomegaly / ICD10: I51.7 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Cat.v1.zip | 疾患名: 白内障 / 略称: Cataract / ICD10: H25/H26 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CeAn.v1.zip | 疾患名: 脳動脈瘤 / 略称: CeAn / ICD10: I67.1 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.CeC.v1.zip | 疾患名: 子宮頸癌 / 略称: CeC / ICD10: C53 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.ChG.v1.zip | 疾患名: 慢性糸球体腎炎 / 略称: Chronic_Glomerulonephritis / ICD10: N03 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.ChP.v1.zip | 疾患名: 慢性膵炎 / 略称: Chronic_Pancreatitis / ICD10: K86 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.ChS.v1.zip | 疾患名: 慢性副鼻腔炎 / 略称: Chronic_Sinusitis / ICD10: J32 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Cho.v1.zip | 疾患名: 胆のう炎 / 略称: Cholecystitis / ICD10: K80.0/K80.1/K80.4/K81 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Cir.v1.zip | 疾患名: 肝硬変 / 略称: Cirrhosis / ICD10: K74.6 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Co.v1.zip | 疾患名: 便秘症 / 略称: Constipation / ICD10: K59.0 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Cys.v1.zip | 疾患名: 膀胱炎 / 略称: Cystitis / ICD10: N30.0 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.DBP.v1.zip | カテゴリー: 血圧 / 形質名: 拡張期血圧 / 略称: DBP | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.DC.v1.zip | 疾患名: 拡張型心筋症 / 略称: Dilated_Cardiomyopathy / ICD10: I42.0 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.DN.v1.zip | 疾患名: 糖尿病性腎症 / 略称: DM_Nephropathy / ICD10: E11.2 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Dep.v1.zip | 疾患名: うつ病 / 略称: Depression / ICD10: F33 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Dip.v1.zip | 疾患名: ジフテリア / 略称: Diphtheria / ICD10: A36 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Dys.v1.zip | 疾患名: 赤痢 / 略称: Dysentery / ICD10: A03.9 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.EC.v1.zip | 疾患名: 食道癌 / 略称: EsC / ICD10: C15 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.EM.v1.zip | 疾患名: 子宮内膜症 / 略称: Endometriosis / ICD10: N80 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.EOS.v1.zip | カテゴリー: 血球数 / 形質名: 好酸球数 / 略称: EOS | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.EV.v1.zip | 疾患名: 食道静脈瘤 / 略称: Esophageal_varix / ICD10: I85 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.EcP.v1.zip | 疾患名: 子宮外妊娠 / 略称: Ect_preg / ICD10: O00 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.EnC.v1.zip | 疾患名: 子宮体癌 / 略称: EnC / ICD10: C54 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Ep.v1.zip | 疾患名: てんかん / 略称: Epilepsy / ICD10: G40/G41 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.FA.v1.zip | 疾患名: 食物アレルギー / 略称: Food_Allergy / ICD10: Z91.01 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.FNP.v1.zip | 疾患名: 顔面神経麻痺 / 略称: FacialN_palsy / ICD10: G51.0 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.FS.v1.zip | 疾患名: 熱性けいれん / 略称: Febrile_Seizure / ICD10: R56.0 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.GBP.v1.zip | 疾患名: 胆嚢ポリープ / 略称: GB_polyp / ICD10: K82.8 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.GC.v1.zip | 疾患名: 胃癌 / 略称: GaC / ICD10: C16 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.GD.v1.zip | 疾患名: バセドウ病 / 略称: GD / ICD10: E05.0 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.GERD.v1.zip | 疾患名: 逆流性食道炎 / 略称: GERD / ICD10: K21 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.GGT.v1.zip | カテゴリー: 肝機能 / 形質名: ガンマグルタミルトランスフェラーゼ / 略称: GGT | 592 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.GP.v1.zip | 疾患名: 胃ポリープ / 略称: Gastric_polyp / ICD10: K31.7 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.GU.v1.zip | 疾患名: 胃潰瘍 / 略称: Gastric_Ulcer / ICD10: K25 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Gla.v1.zip | 疾患名: 緑内障 / 略称: Glaucoma / ICD10: H40 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.Glucose.v1.zip | カテゴリー: 血糖・脂質関連 / 形質名: 血糖 / 略称: Glucose | 591 MB | |
| hum0197.v3.BBJ.Goi.v1.zip | 疾患名: 甲状腺腫 / 略称: Goiter / ICD10: E04 | 1.6 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.H03A.v1.zip | ATC分類: H03A / 説明: 甲状腺製剤 | 1.5 GB | |
| hum0197.v3.BBJ.HAV.v1.zip | 疾患名: A型肝炎 / 略称: HAV_hepatitis / ICD10: B15.9 | 1.5 GB |
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解析手法
genome wide SNPs
- 材料と対象者
- バイオバンク・ジャパン(179,000名)、UKバイオバンク(361,000名)、FinnGen(136,000名)
形質数:220 - 健康状態混在
- 対象者数676,000 (人数)
- コホートBioBank Japan、FinnGen、UK Biobank
- 対象集団イギリス人、フィンランド人、日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- FinnGen1 ThermoFisher Array
HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
UK BiLEVE Axiom Array
UK Biobank Axiom Array - プラットフォーム
- Applied Biosystems UK BiLEVE Axiom Array
Applied Biosystems UK Biobank Axiom Array
Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
Thermo Fisher Scientific FinnGen1 ThermoFisher Array - QC・フィルタリング
- BBJ:We included imputed variants with Rsq > 0.7.
UK Biobank:We excluded the variants with (i) INFO score ≤ 0.8, (ii) MAF ≤ 0.0001 (except for missense and protein-truncating variants annotated by VEP, which were excluded if MAF ≤ 1 × 10-6), and (iii) PHWE ≤ 1 × 10-10.
FinnGen:We excluded variants with an imputation INFO score < 0.8 or MAF < 0.0001. - インピュテーション
- BBJ:Eagle、Minimac3
UK Biobank:IMPUTE4
FinnGen:beagle4.1 - 解析方法
- For binary traits, SAIGE software was used with age, age2, sex, age×sex, age2×sex, and top 20 principal components as covariates. For quantitative traits (biomarkers), BOLT-LMM or plink software was used with the same covariates.
- バリアント数
- BBJ: 13,530,797 variants
UK Biobank: 13,791,467 variants
FinnGen: 16,859,359 variants - 表現型データの有無
- あり