データセット ID
NHA000160
- データの種類
- 日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者555名のGWAS統計情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 111 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0136
- 公開日
- 2021-03-05
- 更新日
- 2021-03-05
- Secondary ID
- hum0136.v2.hep-gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| header_ | Dictionary file | 15.9 KB | |
| hum0136.v2.hep-gwas.v1.zip | 111 MB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 日本人B型肝炎ワクチン（ヘプタバックス）接種者（Total：555名）
・ワクチン低反応群（66名、HBsAb 10mIU/mL以下）
・ワクチン中反応群（184名、HBsAb 10mIU/mL超、100 mIU/mL以下）
・ワクチン高反応群（305名、HBsAb 100mIU/mL超） - 健康状態健常
- 対象者数555 (人数)
- 対象集団日本人
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- overall call rate < 0.95、SNP call rate < 0.95、
HWE P < 0.001、MAF < 0.05、Regression P < 0.05 - 解析方法
- GenCall software（Genotyping Console ver. 4.2.0.26）
- バリアント数
- ① 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群(n=66)とワクチン反応群(n=489)を比較したGWAS結果(Imputation後): 279,671 SNPs (Figure 1a)
② 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群(n=66)とワクチン高反応群(n=305)を比較したGWAS結果(Imputation後): 292,028 SNPs (Figure 1b)
③ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群(n=66)とワクチン反応群(n=489)を比較したGWAS結果(Imputation前): 22,770 SNPs (Supplementary Figure 1a)
④ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群(n=66)とワクチン高反応群(n=305)を比較したGWAS結果(Imputation前): 23,717 SNPs (Supplementary Figure 1b)
⑤ 日本人ヘプタバックス接種者およびビームゲン接種者におけるワクチン低反応群(n=66+107)とワクチン反応群(n=489+1086)を比較したGWAS結果(Imputation後): 310,312 SNPs (Supplementary Figure 2a)
⑥ 日本人ヘプタバックス接種者およびビームゲン接種者におけるワクチン低反応群(n=66+107)とワクチン反応群(n=305+735)を比較したGWAS結果(Imputation後): 317,176 SNPs (Supplementary Figure 2b)
⑦ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン低反応群(n=66)と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン低反応群(n=107)を比較したGWAS結果(Imputation後): 285,687 SNPs (Supplementary Figure 3a)
⑧ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン中反応群(n=184)と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン中反応群(n=351)を比較したGWAS結果(Imputation後): 312,192 SNPs (Supplementary Figure 3b)
⑨ 日本人ヘプタバックス接種者におけるワクチン高反応群(n=305)と日本人ビームゲン接種者におけるワクチン高反応群(n=735)を比較したGWAS結果(Imputation後): 321,074 SNPs (Supplementary Figure 3c)