データセット ID
NHA000156
- データの種類
- PBC1,953症例および健常対照者3,690名のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 16.7 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0261
- 公開日
- 2021-01-08
- 更新日
- 2021-01-08
- Secondary ID
- hum0261.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0261_ | Dictionary file | 10.7 KB | |
| hum0261_ | 16.7 MB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- PBC（ICD10：K743）：1,953症例
健常対照者：3,690名 - 健康状態混在
- 対象者数5643 (人数)
- 疾患
- PBC (K743)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
Affymetrix Japonica Array - QC・フィルタリング
- HWE: P≥10^-6、Imputation info score: ≥ 0.5
Individuals call rate ≥ 98%, SNPs call rate ≥ 98%, MAF ≥ 1% - インピュテーション
- IMPUTE4(with 2KJPN reference panel)
- 解析方法
- ASI: Genotyping Console ver. 4.2.0.26
Japonica: Affymetrix Power Tools ver. 1.18.2 - バリアント数
- 1,022,237 SNVs