データセット ID
NHA000131
- データの種類
- 自殺者と非自殺者、および自殺時の年齢についてのGWASメタ解析
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 420 MB
- ファイル形式
- DOCX
- ZIP
- 研究
- hum0196
- 公開日
- 2019-12-20
- 更新日
- 2019-12-20
- Secondary ID
- hum0196.v1.gwas.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0196_ | Dictionary file | 17.7 KB | |
| hum0196_ | 420 MB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 【自殺者 （ICD10：X83） vs. 非自殺者】
1st set：自殺者 386例、非自殺対照 7,458例
2nd set：自殺者 360例、非自殺対照 6,591例
計：自殺者 746例、非自殺対照 14,049例
【自殺時の年齢】
1st set：自殺者 366例、2nd set：自殺者 353例
計：自殺者 719例 - 健康状態混在
- 対象者数14,795 (人数)
- 疾患
- 自殺者 (X83)
- 試料説明
- 死後組織・末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- 以下のクライテリアに該当するvariantを除外
・sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.98, MAF < 0.01
・対照者群で HWE P < 1 x 10⁻⁶
・1st set、2nd setそれぞれにおいて、Imputation quality (Rsq) < 0.7 - インピュテーション
- minimac [imputation (1000 genomes Phase 3)]
- 解析方法
- GenCall software (GenomeStudio)
- バリアント数
- 8,381,404 SNPs (【自殺者 vs. 非自殺者】)
8,555,734 SNPs (【自殺時の年齢】)