データセット ID

NHA000111

Name: NHA000111: 40疾患のGWAS
Published: 2019-10-08

データの種類: 40疾患のGWAS
アクセス制限: 非制限公開
総データ量: 2.2 GB
ファイル形式: TXT
XLSX
ZIP
研究: hum0014
公開日: 2019-10-08
更新日: 2019-10-08
Secondary ID: hum0014.v17.HT.v1

このデータセットに紐づく非制限公開ファイル

ファイル名	ラベル	サイズ
hum0014.v17.HT.v1.zip	造血器腫瘍	2.2 GB
hum0014_v17_README.txt		2.1 KB
hum0014_v17_sample_size.xlsx		12.4 KB
hum0014_v17_v18_v21_README.txt	Dictionary file	2.2 KB
hum0014_v17_v18_v21_sample_size.xlsx	Sample size file	13.0 KB

解析手法

Genotyping by array (GWAS)

材料と対象者: 42疾患（ICD10 code）
不整脈（I499）、気管支喘息（J459）、アトピー性皮膚炎（L209）、
胆嚢・胆管がん（C23, C240）、白内障（H269）、
脳動脈瘤（I671）、子宮頸がん（C539）、B型慢性肝炎（B181）、
C型慢性肝炎（B182）、COPD（J449）、肝硬変（K746）、
大腸・直腸がん（C189, C20）、心不全（I509, I500）、薬疹（L270）、
子宮体がん（C549）、子宮内膜症（N809）、てんかん（G409）、
食道がん（C159）、胃がん（C169）、緑内障（H409）、バセドウ病（E050）、
造血器腫瘍（C81-96）、肝がん（C220）、肺線維症（J849, J841）、
脳梗塞（I639）、ケロイド（L910）、肺がん（C349）、
ネフローゼ症候群（N049）、骨粗鬆症（M8199）、卵巣がん（C56）、
膵がん（C259）、歯周病（K054）、ASO（I709）、花粉症（J301）、
前立腺がん（C61）、肺結核（A169）、関節リウマチ（M0690）、
糖尿病（E14）、尿路結石症（N209）、子宮筋腫（D259）、乳がん（C509）
虚血性心疾患（I200、I209、I219）; 健康状態
罹患
疾患: 不整脈 (I499)
気管支喘息 (J459)
アトピー性皮膚炎 (L209)
胆嚢・胆管がん (C23, C240)
白内障 (H269)
脳動脈瘤 (I671)
子宮頸がん (C539)
B型慢性肝炎 (B181)
C型慢性肝炎 (B182)
COPD (J449)
肝硬変 (K746)
大腸・直腸がん (C189, C20)
心不全 (I509, I500)
薬疹 (L270)
子宮体がん (C549)
子宮内膜症 (N809)
てんかん (G409)
食道がん (C159)
胃がん (C169)
緑内障 (H409)
バセドウ病 (E050)
肝がん (C220)
肺線維症 (J849, J841)
脳梗塞 (I639)
ケロイド (L910)
肺がん (C349)
ネフローゼ症候群 (N049)
骨粗鬆症 (M819)
卵巣がん (C56)
膵がん (C259)
歯周病 (K054)
ASO (I709)
花粉症 (J301)
前立腺がん (C61)
肺結核 (A169)
関節リウマチ (M069)
糖尿病 (E14)
尿路結石症 (N209)
子宮筋腫 (D259)
乳がん (C509)
虚血性心疾患 (I200, I209, I219)
試料説明: 末梢血から抽出したgDNA; 組織
末梢血
腫瘍 / 非腫瘍
混在
試料の入手元: N/A
実験方法: Genotyping by array
測定対象: N/A
試薬キット: HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit
プラットフォーム: Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome
参照ゲノム: GRCh37
QC・フィルタリング: Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外
インピュテーション: minimac3 [imputation(1000 genomes Phase 3 v5 )]
解析方法: GenCall software（GenomeStudio）
バリアント数: 常染色体: 8,712,794 variants
X染色体: 207,198 variants
加工データの種類: インピュテーション済み遺伝子型データ
表現型データの有無: あり
利用ポリシー: NBDC データ共有ポリシー (JGAP000001)