データセット ID
NHA000097
- データの種類
- 40疾患のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 2.2 GB
- ファイル形式
- TXT
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2019-10-08
- 更新日
- 2019-10-08
- Secondary ID
- hum0014.v17.COPD.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v17.COPD.v1.zip | COPD | 2.2 GB | |
| hum0014_ | 2.1 KB | ||
| hum0014_ | 12.4 KB | ||
| hum0014_ | Dictionary file | 2.2 KB | |
| hum0014_ | Sample size file | 13.0 KB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- 42疾患（ICD10 code）
不整脈（I499）、気管支喘息（J459）、アトピー性皮膚炎（L209）、
胆嚢・胆管がん（C23, C240）、白内障（H269）、
脳動脈瘤（I671）、子宮頸がん（C539）、B型慢性肝炎（B181）、
C型慢性肝炎（B182）、COPD（J449）、肝硬変（K746）、
大腸・直腸がん（C189, C20）、心不全（I509, I500）、薬疹（L270）、
子宮体がん（C549）、子宮内膜症（N809）、てんかん（G409）、
食道がん（C159）、胃がん（C169）、緑内障（H409）、バセドウ病（E050）、
造血器腫瘍（C81-96）、肝がん（C220）、肺線維症（J849, J841）、
脳梗塞（I639）、ケロイド（L910）、肺がん（C349）、
ネフローゼ症候群（N049）、骨粗鬆症（M8199）、卵巣がん（C56）、
膵がん（C259）、歯周病（K054）、ASO（I709）、花粉症（J301）、
前立腺がん（C61）、肺結核（A169）、関節リウマチ（M0690）、
糖尿病（E14）、尿路結石症（N209）、子宮筋腫（D259）、乳がん（C509）
虚血性心疾患（I200、I209、I219） - 健康状態罹患
- 疾患
- COPD (J449)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外 - インピュテーション
- minimac3 [imputation(1000 genomes Phase 3 v5 )]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 8,712,794 variants
X染色体: 207,198 variants - 加工データの種類
- インピュテーション済み遺伝子型データ