データセット ID
NHA000088
- データの種類
- 159,095名の身長のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 679 MB
- ファイル形式
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2019-09-27
- 更新日
- 2019-09-27
- Secondary ID
- hum0014.v15.ht.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| README_ | Dictionary file | 27.2 KB | |
| hum0014.v15.ht.v1.zip | 679 MB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- バイオバンクジャパンに参加した159,095名
（男性：86,257名、女性：72,838名） - コホートBioBank Japan
- 性別混在
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- Sample QCs：1) call rate < 98%、2) closely related samples (PI_HAT > 0.175)、3) outlier from Japanese cluster determined by PCA using GCTA を除外。
Imputation後のQC：Imputation quality (Rsq) < 0.3 を除外。 - インピュテーション
- Minimac3 [imputation reference panel using WGS data of the biobank Japan project (N=1,037) and 1KGP p3v5 ALL (N=2,504)]
- バリアント数
- 常染色体: 27,211,524 variants
男性X染色体: 684,533 variants
女性X染色体: 684,533 variants