データセット ID
NHA000079
- データの種類
- B型ウイルス陽性肝がん 473症例、および、
B型肝炎ウイルスキャリア群 516症例のGWAS - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 5.8 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0075
- 公開日
- 2019-02-19
- 更新日
- 2019-02-19
- Secondary ID
- hum0075.v2.hcc.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0075.v2.hcc.v1.zip | 5.8 MB | ||
| hum0075v2_ | Dictionary file | 13.2 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- B型肝炎ウイルス陽性肝がん（ICD10：B181）：473症例
B型肝炎ウイルキャリア群（慢性肝炎および無症候キャリア）：516症例 - 健康状態混在
- 対象者数989 (人数)
- 疾患
- B型肝炎ウイルス陽性肝がん (B181)
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Axiom 2.0 Reagent Kit
- プラットフォーム
- Affymetrix Axiom Genome-Wide ASI 1 Array
- QC・フィルタリング
- Sample call rate < 0.97、SNP call rate < 0.95、MAF < 0.03、HWE P < 0.001
Pearson's chi-square test without P < 0.05 - 解析方法
- Genotyping Console v4.2.0.26 software
- バリアント数
- 24,123 (常染色体のSNP)
- 加工データの種類
- 変異コール