データセット ID
NHA000072
- データの種類
- 初潮年齢データを有する女性67,029名および閉経年齢データを有する女性43,861名のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 190 MB
- ファイル形式
- Markdown
- GZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2018-08-07
- 更新日
- 2018-08-07
- Secondary ID
- hum0014.v9.MP.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v9.MP.v1.gz | 190 MB | ||
| hum0014_ | Dictionary file | 2.3 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 初潮年齢データを有する女性67,029名
閉経年齢データを有する女性43,861名 - 性別女性
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, MAF < 0.5%,
対照者群で HWE P < 1 x 10^-6
ImputationのQC：リファレンスパネルで HWE P < 1 x 10^-6 もしくは MAF < 0.01
GWASデータセットとリファレンスパネルのアレル頻度差 > 0.16
Imputation後のQC：Imputation quality (Rsq) < 0.7を除外。
さらに、ベータが4未満もしくは4を超えるものは公開用に除外。 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 9,296,729 SNPs