データセット ID
NHA000070
- データの種類
- 162,255名の58臨床検査値のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 7.3 GB
- ファイル形式
- MAP
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2018-05-01
- 更新日
- 2018-05-01
- Secondary ID
- hum0014.v8.58qt.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v8.TC.zip | 血糖・脂質関連: 総コレステロール | 127 MB | |
| hum0014.v8.TG.zip | 血糖・脂質関連: 中性脂肪 | 127 MB | |
| hum0014.v8.TP.zip | 血清蛋白質: 総蛋白 | 127 MB | |
| hum0014.v8.UA.zip | 腎機能: 尿酸 | 127 MB | |
| hum0014.v8.WBC.zip | 血球数: 白血球数 | 127 MB | |
| hum0014.v8.ZTT.zip | 肝機能: 硫酸亜鉛混濁試験 | 124 MB | |
| hum0014.v8.eGFR.zip | 腎機能: 推算糸球体濾過量 | 127 MB | |
| hum0014.v8.sCr.zip | 腎機能: 血清クレアチニン | 127 MB | |
| hum0014_ | Dictionary file | 36.0 KB |
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解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 162,255名の58臨床検査値
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
Imputation referenceのQC:
以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外:
1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外。 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 5,961,600 SNVs
X染色体: 147,353 SNVs