データセット ID
NHA000070
- データの種類
- 162,255名の58臨床検査値のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 7.3 GB
- ファイル形式
- MAP
- HTML
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2018-05-01
- 更新日
- 2018-05-01
- Secondary ID
- hum0014.v8.58qt.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v8.AG.zip | 血清蛋白質: アルブミン/グロブリン比 | 126 MB | |
| hum0014.v8.ALP.zip | 肝機能: アルカリフォスファターゼ | 127 MB | |
| hum0014.v8.ALT.zip | 肝機能: アラニンアミノ基転移酵素 | 127 MB | |
| hum0014.v8.APTT.zip | その他の検査値: 活性化部分トロンボプラスチン時間 | 126 MB | |
| hum0014.v8.AST.zip | 肝機能: アスパラギン酸アミノ基転移酵素 | 127 MB | |
| hum0014.v8.Alb.zip | 血清蛋白質: アルブミン | 127 MB | |
| hum0014.v8.BS.zip | 血糖・脂質関連: 血糖 | 126 MB | |
| hum0014.v8.BUN.zip | 腎機能: 尿素窒素 | 127 MB | |
| hum0014.v8.Baso.zip | 血球数: 好塩基球数 | 126 MB | |
| hum0014.v8.CK.zip | その他の検査値: クレアチンキナーゼ | 127 MB | |
| hum0014.v8.CRP.zip | その他の検査値: C反応性蛋白 | 126 MB | |
| hum0014.v8.Ca.zip | 電解質: カルシウム | 126 MB | |
| hum0014.v8.Cl.zip | 電解質: クロール | 127 MB | |
| hum0014.v8.DBP.zip | 血圧: 拡張期血圧 | 127 MB | |
| hum0014.v8.EA.zip | 心エコー: E/A比 | 124 MB | |
| hum0014.v8.EF.zip | 心エコー: 左室駆出率 | 124 MB | |
| hum0014.v8.Eosino.zip | 血球数: 好酸球数 | 126 MB | |
| hum0014.v8.FS.zip | 心エコー: 左室内径短縮率 | 123 MB | |
| hum0014.v8.Fbg.zip | その他の検査値: フィブリノーゲン | 124 MB | |
| hum0014.v8.GGT.zip | 肝機能: ガンマグルタミルトランスフェラーゼ | 127 MB |
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解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 162,255名の58臨床検査値
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, HWE P < 1 x 10^-6
Imputation referenceのQC:
以下の条件に該当するSNVはreferenceから除外:
1) HWE P < 1 x 10^-6、2) MAF < 0.01
Imputation後のQC:
Imputation quality (Rsq) < 0.7 を除外。 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 常染色体: 5,961,600 SNVs
X染色体: 147,353 SNVs