データセット ID
NHA000052
- データの種類
- 心房細動患者8,180症例および対照者28,612名のGWAS
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 132 MB
- ファイル形式
- TXT
- XLSX
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2017-05-18
- 更新日
- 2017-05-18
- Secondary ID
- hum0014.v5.AF.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0014.v5.AF.v1.txt.zip | GWAS集計情報 | 132 MB | |
| hum0014.v5.AF.v1_ | Dictionary file | 10.9 KB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- 心房細動：8,180症例
対照者：28,612名 - 健康状態混在
- 対象者数36,792 (人数)
- 対象者属性
- 性別、年齢
- 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanExome BeadChip Kit
HumanOmniExpress BeadChip Kit
HumanOmniExpressExome BeadChip Kit - プラットフォーム
- Illumina HumanExome
Illumina HumanOmniExpress
Illumina HumanOmniExpressExome - 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, 対照者群で HWE P < 1 x 10^-6
ImputationのQC：リファレンスパネルで HWE P < 1 x 10^-6 もしくは MAF < 0.01
GWASデータセットとリファレンスパネルのアレル頻度差 > 0.16
R square < 0.9 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 5,000,000 SNVs (約)
- 加工データの種類
- 遺伝子型データ
GWAS 要約統計量 - 表現型データの有無
- あり