データセット ID
NHA000048
- データの種類
- TMJ（日本人105症例、韓国人41症例）および
non-TMJ（日本人193名、韓国人181名）のGWAS - アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 12.5 KB
- ファイル形式
- XLSX
- 研究
- hum0042
- 公開日
- 2016-03-02
- 更新日
- 2016-03-02
- Secondary ID
- hum0042.v1.TMJ.v1
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| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0042_ | Dictionary file | 12.5 KB |
解析手法
Genotyping by array (GWAS)
- 材料と対象者
- 1．TMJ
TMJ：146症例（日本人105症例、韓国人41症例）
non-TMJ：374名（日本人193名、韓国人181名）
2．第三大臼歯先天性欠如
2-1．下顎に一本以上の第三大臼歯先天性欠如
有（日本人40症例、韓国人40症例）
無（日本人224名、韓国人183名）
2-2．上顎に一本以上の第三大臼歯先天性欠如
有（日本人62症例、韓国人63症例）
無（日本人202名、韓国人160名）
2-3．上下何れかに一本以上の第三大臼歯先天性欠如
有（日本人78症例、韓国人71症例）
無（日本人186名、韓国人152名） - 健康状態混在
- 対象者数520 (人数)
- 対象集団日本人、韓国人
- 試料説明
- 唾液より抽出されたDNA
- 組織唾液
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- HumanOmniExpress BeadChip Kit
- プラットフォーム
- Illumina HumanOmniExpress
- QC・フィルタリング
- Sample Call rate ≤ 0.98, SNP call rate ≤ 0.98, MAF < 3%, HWE P < 1 x 10^-6
- 解析方法
- GenCall software（GenomeStudio）
- バリアント数
- 日本人: 550,005 SNPs
韓国人: 545,797 SNPs