データセット ID
NHA000046
- データの種類
- アトピー性皮膚炎患者1,472症例および
対照者7,966名のGWAS - アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 150 MB
- ファイル形式
- XLSX
- ZIP
- 研究
- hum0014
- 公開日
- 2016-02-02
- 更新日
- 2016-02-02
- Secondary ID
- hum0014.v4.AD.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Dictionary file (AD).xlsx | Dictionary file | 27.0 KB | |
| hum0014.v4.AD.v1.zip | 150 MB |
解析手法
Genotyping by array
- 材料と対象者
- アトピー性皮膚炎：1,472症例、
対照者：7,966名（健常者およびアトピー性皮膚炎と気管支喘息のいずれも合併していない脳動脈瘤、食道がん、子宮体がん、肺気腫、緑内障の患者） - 試料説明
- 末梢血から抽出したgDNA
- 組織末梢血
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Genotyping by array
- 測定対象
- N/A
- プラットフォーム
- Illumina HumanOmniExpress
- 参照ゲノム
- GRCh37
- QC・フィルタリング
- GenotypingのQC：sample call rate < 0.98, SNV call rate < 0.99, 対照者群で HWE P < 1 x 10^-6
ImputationのQC：リファレンスパネルで HWE P < 1 x 10^-6 もしくは MAF < 0.01
GWASデータセットとリファレンスパネルのアレル頻度差 > 0.16 - インピュテーション
- minimac [imputation（1000 genomes Phase I v3 ）]
- バリアント数
- 7,700,000 SNVs (約)