データセット ID
NHA000004
- データの種類
- CpGサイトのメチル化率情報
- アクセス制限
- 非制限公開
- 総データ量
- 1.8 GB
- ファイル形式
- TXT
- ZIP
- 研究
- hum0009
- 公開日
- 2015-01-07
- 更新日
- 2015-01-07
- Secondary ID
- hum0009.v1.CpG.v1
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| Blastocyst.zip | 209 MB | ||
| Blood-1.zip | 469 MB | ||
| Blood-2.zip | 299 MB | ||
| Hash.txt | 910 B | ||
| Oocyte.zip | 275 MB | ||
| Sperm.zip | 541 MB |
解析手法
PBAT-seq (DNA メチル化解析)
- 材料と対象者
- 健康状態健常
- 対象者数11 (検体数)
- 性別混在
- 年齢層混在
- 試料説明
- 組織臍帯血、Embryo、Oocyte、Sperm
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 実験方法
- Methyl-seq
- 参照ゲノム
- GRCh37
- マッピング
- 末端4塩基をトリム後、Bismark（v.0.9.0）のデフォルトパラメータを使用してアライメントを実施した。
- QC・フィルタリング
- バイサルファイト変換効率＞99％（λファージゲノムを使用）
- 解析方法
- Bismark（v.0.9.0）のmethylation extractorを使用し、各シトシンのメチル化率を算出。CpGサイトについては、両ストランドのリードを合わせてメチル化率を算出した。
- リード数
- 卵子（増幅有）：752 million reads / 144 million reads
卵子（増幅無）：153 million reads / 80 million reads
精子-1：392 million reads / 243 million reads
精子-2：457 million reads / 259 million reads
精子-3：450 million reads / 281 million reads
受精卵（着床前胚）：1275 million reads / 750 million reads
臍帯血-1：181 million reads / 102 million reads
臍帯血-2：185 million reads / 108 million reads
臍帯血-3：177 million reads / 98 million reads
臍帯血-4：179 million reads / 101million reads
臍帯血-5：196 million reads / 114 million reads - カバレッジ (深度)
- 卵子(増幅有): 4.5x
卵子(増幅無): 2.5x
精子-1: 7.6x
精子-2: 8.1x
精子-3: 8.8x
受精卵(着床前胚): 23.5x
臍帯血-1: 3.2x
臍帯血-2: 3.4x
臍帯血-3: 3.1x
臍帯血-4: 3.2x
臍帯血-5: 3.6x - 加工データの種類
- DNA メチル化データ