データセット ID
JGAD001104
- データの種類
- NGS（Target Capture）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 研究
- hum0607
- DDBJ Search
- JGAD001104 (新しいタブで開きます)
このデータセットに紐づく非制限公開ファイル
| ファイル名 | ラベル | サイズ | URL のコピー |
|---|---|---|---|
| hum0607_ | 737 遺伝子のパネル (Todai OncoPanel version 6) | 22.9 KB |
解析手法
Targeted DNA sequencing
- 材料と対象者
- ALK遺伝子異常を有する希少がん（ICD10：C00-C80）：24症例
血漿中cfDNA：24検体
バフィーコートより抽出したDNA：19検体 - 健康状態罹患
- 対象者数24 (人数)
- 対象集団日本人
- 疾患
- ALK遺伝子異常を有する希少がん
- 試料説明
- 血漿中cfDNAおよびgDNA
- 組織バフィーコート、cfDNA、血漿
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- Targeted DNA sequencing
- 試薬キット
- Twist Library Preparation EF Kit
Twist UMI Adapter System - 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 139.9 bp (平均)
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング
- bwa mem
- マッピング品質
- 平均 32.2
- カバレッジ (深度)
- 1616.9x (平均)