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NBDC ヒトデータベース

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現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです

2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所(NIG)バイオデータ研究拠点(BSI)ライフサイエンス統合データベース部門(DBCLS)」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします

データセット ID

JGAD001011

データの種類
NGS(Exome、RNA-seq)
アクセス制限
制限公開(Type I)
総データ量
276 GB
ファイル形式
  • FASTQ
研究
hum0342
公開日
2026-01-06
更新日
2026-01-06

解析手法

WES

材料と対象者
小腸がん(ICD10:C17):11症例
腫瘍組織と非腫瘍組織のペア:合計22検体
  • 健康状態
    罹患
  • 対象者数
    11 (人数)
疾患
  • 小腸がん
試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    混在
試料の入手元
N/A
実験方法
WES
測定対象
N/A
試薬キット
Exome2.0 plus Comprehensive Exome Spike-in
Twist Comprehensive Exome Panel
断片化
超音波断片化(Covaris)
プラットフォーム
Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ
ペアエンド
リード長
150 bp

RNA-seq

材料と対象者
小腸がん(ICD10:C17):15症例(4症例はExomeと重複)
腫瘍組織:10検体、非腫瘍組織:5検体
  • 健康状態
    罹患
  • 対象者数
    15 (人数)
疾患
  • 小腸がん
試料説明
腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
  • 腫瘍 / 非腫瘍
    混在
試料の入手元
N/A
実験方法
RNA-seq
測定対象
N/A
試薬キット
SMART-Seq Stranded Kit
断片化
酵素反応
プラットフォーム
Illumina NovaSeq 6000
リードタイプ
ペアエンド
リード長
150 bp