データセット ID
JGAD000985
- データの種類
- NGS（Exome、RNA-seq）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 654 GB
- ファイル形式
- BAM
- BAI
- CSV
- 研究
- hum0533
- 公開日
- 2025-10-17
- 更新日
- 2025-10-17
- DDBJ Search
- JGAD000985 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000843 (新しいタブで開きます)
解析手法
WES
- 材料と対象者
- GAPPS（ICD10：D139）：7症例
61検体（胃腫瘍組織：14検体、胃ポリープ：13検体、正常胃粘膜：27検体、末梢血：7検体） - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- GAPPS
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
- 組織末梢血、胃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- WES
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- SureSelect Human All Exon V6
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング品質
- Median MAPQ ≥ 60
- QC・フィルタリング
- FastQC（v0.11.9）
Hard-filter（GATK推奨値）
SNP： QD < 2.0, FS > 60.0, MQ < 40.0, MQRankSum < -12.5, ReadPosRankSum < -8.0, SOR > 3.0
INDEL： QD < 2.0, FS > 200.0, ReadPosRankSum < -20.0, SOR > 10.0 - 解析方法
- GATK（v4.2.6.1）、Picard MarkDuplicates（v2.27.5）、Samtools （v1.14）、ANNOVAR （2020-06-08 release）
- カバレッジ (深度)
- 175x
144–236x (範囲)
RNA-seq
- 材料と対象者
- GAPPS（ICD10：D139）：7症例
53検体（胃腫瘍組織：13検体、胃ポリープ：13検体、正常胃粘膜：27検体） - 健康状態罹患
- 対象者数7 (人数)
- 疾患
- GAPPS
- 試料説明
- 腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したRNA
- 組織胃
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext Ultra II RNA Library Prep Kit for Illumina
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 150 bp
- 参照ゲノム
- GRCh38
- マッピング品質
- Median MAPQ ≥ 60
- QC・フィルタリング
- FastQC（v0.11.9）
Hard-filter（GATK推奨値）
SNP： QD < 2.0, FS > 60.0, MQ < 40.0, MQRankSum < -12.5, ReadPosRankSum < -8.0, SOR > 3.0
INDEL： QD < 2.0, FS > 200.0, ReadPosRankSum < -20.0, SOR > 10.0 - 解析方法
- STAR（v2.7.10a）、RSEM（v1.3.3）、Samtools（v1.14）、DESeq2 （v1.38.3）