データセット ID
JGAD000977
- データの種類
- NGS（RNA-seq、ATAC-seq、scMultiome）
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- 総データ量
- 583 GB
- ファイル形式
- FASTQ
- 研究
- hum0225
- 公開日
- 2025-09-24
- 更新日
- 2025-09-24
- DDBJ Search
- JGAD000977 (新しいタブで開きます)
- JGA Study
- JGAS000835 (新しいタブで開きます)
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
- HAM（ICD-10：A858/B973）：13症例（2症例はATAC-seqも実施）
末梢血：13検体 - 健康状態罹患
- 対象者数13 (人数)
- 疾患
- HAM
- 試料説明
- 末梢血よりCD4/CADM1/CD7に対する抗体を用いてソートしたHTLV-1感染T細胞から抽出したRNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- RNA-seq
- 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- NEBNext rRNA Depletion Kit
- 断片化
- 化学的断片化
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
ATAC-seq
- 材料と対象者
- HAM（ICD-10：A858/B973）：2症例
末梢血：2検体 - 健康状態罹患
- 対象者数2 (人数)
- 疾患
- HAM
- 試料説明
- 末梢血よりCD4/CADM1/CD7に対する抗体を用いてソートしたHTLV-1感染T細胞から抽出したDNA
- 組織末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍非腫瘍
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- ATAC-seq
- 測定対象
- N/A
- 断片化
- 超音波断片化（Covaris）
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- 300 bp
scRNA-seq + scATAC-seq
- 材料と対象者
- HAM（ICD-10：A858/B973）：2症例（末梢血由来単核球と腫瘍細胞：4検体）
無症候性HTLV-1感染者（ICD-10：A858/B973）：3症例（末梢血由来単核球：3検体） - 健康状態混在
- 対象者数5 (人数)
- 疾患
- HAM
- 無症候性HTLV-1感染者
- 試料説明
- 末梢血単核球もしくは腫瘍細胞から抽出したDNAおよびRNA
- 組織末梢血単核球 (PBMC)、末梢血
- 腫瘍 / 非腫瘍混在
- 試料の入手元
- N/A
- 実験方法
- scATAC-seq
scRNA-seq - 測定対象
- N/A
- 試薬キット
- Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
- 断片化
- 酵素反応
- プラットフォーム
- Illumina NovaSeq 6000
- リードタイプ
- ペアエンド
- リード長
- scRNA-seq: 118 bp
scATAC-seq: 99 bp