2026年4月1日付の組織体制変更により、当部門は「データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター」から、「国立遺伝学研究所（NIG）バイオデータ研究拠点（BSI）ライフサイエンス統合データベース部門（DBCLS）」となりました。ガイドラインにおいて旧名称が残っております箇所につきましては、すべて新名称に読み替えて適用くださいますようお願いいたします
現在、多数のデータ提供申請をいただいており、確認作業に通常よりも時間を要しております。お待たせして大変申し訳ございませんが、何卒ご理解いただけますようお願い申し上げます。申請いただく際は、お時間に余裕を持ってお手続きいただけますと幸いです
- 公開日
- 2025-09-24
- 更新日
- 2025-09-24
- 研究
- hum0225
- データの種類
- NGS(RNA-seq、ATAC-seq、scMultiome)
- アクセス制限
- 制限公開（Type I）
- JGA Study
- JGAS000835
解析手法
RNA-seq
- 材料と対象者
HAM(ICD-10: A858/B973): 13症例(2症例はATAC-seqも実施) 末梢血: 13検体
- 実験方法
RNA-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血よりCD4/CADM1/CD7に対する抗体を用いてソートしたHTLV-1感染T細胞から抽出したRNA
- ライブラリ構築
NEBNext rRNA Depletion Kit
- 断片化
化学的断片化
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
300 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
583.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー
ATAC-seq
- 材料と対象者
HAM(ICD-10: A858/B973): 2症例(RNA-seqも実施) 末梢血: 2検体
- 実験方法
ATAC-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血よりCD4/CADM1/CD7に対する抗体を用いてソートしたHTLV-1感染T細胞から抽出したDNA
- ライブラリ構築
Standard consecutive enzymatic steps of end-polishing, dA-addition, and adaptor ligation
- 断片化
超音波断片化(Covaris)
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
300 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
583.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー
scRNA-seq + scATAC-seq
- 材料と対象者
HAM(ICD-10: A858/B973): 2症例(末梢血由来単核球と腫瘍細胞: 4検体) 無症候性HTLV-1感染者(ICD-10: A858/B973): 3症例(末梢血由来単核球: 3検体)
- 実験方法
scRNA-seq、scATAC-seq
- プラットフォーム
Illumina [NovaSeq 6000]
- 試料説明
末梢血単核球もしくは腫瘍細胞から抽出したDNAおよびRNA
- ライブラリ構築
Chromium Next GEM Single Cell Multiome ATAC + Gene Expression
- 断片化
酵素反応
- リードタイプ
Paired-end
- リード長
scRNA-seq: 118 bp scATAC-seq: 99 bp
- JGAデータセットAccession
- 総データ量
583.2 GB(fastq)
- 利用ポリシー